应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求do_dssp的详细安装步骤？谢谢。
51/1返回列表
查看: 3345  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

1142634328

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求do_dssp的详细安装步骤？谢谢。 已有1人参与

求do_dssp的详细安装步骤？谢谢。
do_dssp运行环境为ubuntu11.10，gromacs4.5.3。do_dssp是为了计算动力学模拟后蛋白质的α-helix、β-sheet和turn的数量。如果其他软件可以计算蛋白质的α-helix、β-sheet和turn的数量，麻烦告诉我该软件的详细安装步骤，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-17 21:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小许高年级

新虫 (初入文坛)
（该方法可能有效）注：安装dssp时，仔细看解压后的dssp文件夹中有没有dssp.exe。若有，直接将该文件夹放至 /usr/local/bin中；若没有，下载dssp.exe。且在bin文件夹打开终端，输入 sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp 修改dssp的执行权限即可。
（亲测两次，都有效）若上述方法不行，则将dssp-2.0.4-linux-i386文件移动至/usr/local/bin中，打开终端，输入命令：sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp，即可。
赞一下(1人) 回复此楼
MD小白
7楼2020-04-28 17:21:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

anyachan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1142634328(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-20 08:02:32
1142634328: 金币+48, ★★★很有帮助, 谢谢你的会提 2015-03-20 21:34:21
我的具体做法是：
在ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/中下载
dssp-2.0.4-linux-amd64
放入/usr/local/bin
mv dssp-2.0.4-linux-amd64 dssp
chmod a+x dssp

祝成功！
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-19 11:18:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1142634328

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by anyachan at 2015-03-24 20:33:58
我就是这么做的，不知道你的有什么问题？...

麻烦你说得更具体点,可以么?谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2015-03-25 19:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxlwl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by anyachan at 2015-03-24 20:33:58
我就是这么做的，不知道你的有什么问题？...

请教：
运行do_dssp后显示：
There are 164 residues in your selected group
dssp cmd='/usr/local/bin/dssp -i ddQTaB0E -o ddNAN2s3 > /dev/null 2> /dev/null'
Reading frame       0 time    0.000   
Back Off! I just backed up ddQTaB0E to ./#ddQTaB0E.1#
一直这样，不知是什么情况？
赞一下 回复此楼
6楼2015-05-11 16:30:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 291 求调剂 +6 化工2026届毕业� 2026-03-21 7/350 2026-03-26 02:14 by BruceLiu320
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 081700 调剂 267分 +10 迷人的哈哈 2026-03-23 10/500 2026-03-25 12:12 by userper
[考研] 材料调剂 +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
[考研] 085600材料与化工调剂 +9 A-哆啦Z梦 2026-03-23 15/750 2026-03-25 11:18 by Ainin_
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 11/550 2026-03-25 10:23 by userper
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +6 NIFFFfff 2026-03-20 6/300 2026-03-24 21:02 by hello七七
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂 +15 吃吃吃才有意义 2026-03-19 16/800 2026-03-24 19:51 by 了了了了。。
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 292求调剂 +4 鹅鹅鹅额额额额� 2026-03-24 4/200 2026-03-24 16:41 by peike
[考研] 291求调剂 +3 HanBeiNingZC 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:34 by barlinike
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 298求调剂 +8 上岸6666@ 2026-03-20 8/400 2026-03-23 11:02 by laoshidan
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂一志愿南京航空航天大学289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-20 21:34 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭