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sam-lifei

金虫 (小有名气)

[求助] 知道一个蛋白怎么查他在那条代谢途径中 已有2人参与

求助各位虫友，知道蛋白在NCBI中，知道他的序列，登录号。如何查他在哪条代谢通路中，我试着在KEGG中搜他的蛋白的名字可以找到相关的代谢途径。但是如果我有几个蛋白都叫一个名字时候怎么办？不能直接根据登录号搜索吗？在哪里搜索？谢谢各位万能的虫友了。
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1楼 2015-03-16 13:07:35
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00
best (in my opinion) protein database is Uniprot, the example used can be referenced to http://www.uniprot.org/uniprot/Q43125 via PICR (http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/). In the cross reference setion, there is a link to KEGG (the pathway database) http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ath:AT4G08920, on the right there is a link to KEGG Pathway which leads to http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ath04712
Interpro is obselete, so do not use it any more.
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4楼2015-03-17 08:59:05
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 谢谢参与 2015-03-17 09:03:45
就NCBI的页面来说，你用登录号进入某个蛋白的页面，比如这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEE82696.1。 把页面拉到最下面，你可以看到蛋白的序列，蛋白序列上一个部分的内容就有蛋白参与的代谢途径，以“GO_process”开头。GO数据库有专门收录蛋白参与代谢途径的，http://amigo.geneontology.org/amigo/landing，你可以直接到这个网站里搜。特别说明，很多基因研究背景很模糊，没有人知道它们参与那条途径，所以搜不到也不要奇怪。
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2楼2015-03-16 16:44:24
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sam-lifei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-16 16:44:24
就NCBI的页面来说，你用登录号进入某个蛋白的页面，比如这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEE82696.1。 把页面拉到最下面，你可以看到蛋白的序列，蛋白序列上一个部分的内容就有蛋白参与的代谢途径，以“GO ...

这两个我都看到了，但是GO网站中，我看到他主页中只有那么几种东西人、大肠杆菌、家鼠等，没有我需要的。我在interpro网站中搜到了蛋白的GO功能，返回来在GO网站中查GO功能时就是第一个搜索框，可以搜到但是看不懂。也对应不到代谢途径中。我先在主要就是想把这些蛋白对应到代谢途径中，笨办法就是一个一个在KEGG中搜索对应，但是觉得不够系统，不够快。唉~慢慢学习~谢谢啦
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3楼2015-03-16 21:36:47
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tumget

新虫 (小有名气)
同问，是否能在KEGG中blast到同源基因，然后就显示出途径来
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5楼2015-07-16 15:26:08
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