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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 谢谢参与 2015-03-17 09:03:45

就NCBI的页面来说，你用登录号进入某个蛋白的页面，比如这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEE82696.1。把页面拉到最下面，你可以看到蛋白的序列，蛋白序列上一个部分的内容就有蛋白参与的代谢途径，以“GO_process”开头。GO数据库有专门收录蛋白参与代谢途径的，http://amigo.geneontology.org/amigo/landing，你可以直接到这个网站里搜。特别说明，很多基因研究背景很模糊，没有人知道它们参与那条途径，所以搜不到也不要奇怪。

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2楼2015-03-16 16:44:24

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智能机器人

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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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silicare: 金币+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00

best (in my opinion) protein database is Uniprot, the example used can be referenced to http://www.uniprot.org/uniprot/Q43125 via PICR (http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/). In the cross reference setion, there is a link to KEGG (the pathway database) http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ath:AT4G08920, on the right there is a link to KEGG Pathway which leads to http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ath04712
Interpro is obselete, so do not use it any more.

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4楼2015-03-17 08:59:05

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