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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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silicare: 金币+5, BioEPI+1, 谢谢参与 2015-03-17 09:03:45
就NCBI的页面来说,你用登录号进入某个蛋白的页面,比如这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEE82696.1。 把页面拉到最下面,你可以看到蛋白的序列,蛋白序列上一个部分的内容就有蛋白参与的代谢途径,以“GO_process”开头。GO数据库有专门收录蛋白参与代谢途径的,http://amigo.geneontology.org/amigo/landing,你可以直接到这个网站里搜。特别说明,很多基因研究背景很模糊,没有人知道它们参与那条途径,所以搜不到也不要奇怪。
2楼2015-03-16 16:44:24
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智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

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silicare: 金币+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00
best (in my opinion) protein database is Uniprot, the example used can be referenced to http://www.uniprot.org/uniprot/Q43125 via PICR (http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/). In the cross reference setion, there is a link to KEGG (the pathway database) http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ath:AT4G08920, on the right there is a link to KEGG Pathway which leads to http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ath04712
Interpro is obselete, so do not use it any more.
4楼2015-03-17 08:59:05
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