应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助]如何给小分子数据库加原子电荷
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 748  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

aladin8201

[交流] [求助]如何给小分子数据库加原子电荷

如题，请问我有一个mol2格式的小分子数据库，我如何能批量的给这个小分子数据库文件中的每一个小分子添加原子电荷，有什么软件可以完成吗？

谢谢！！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-06-19 17:51:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_steven

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
可以用Sybyl来做，写个脚本批量处理。我之前处理过给ACD，CMC，MDDR等数据库加氢、加Gasteiger-Huckel电荷、能量优化。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-06-19 18:08:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aladin8201

引用回帖:
Originally posted by _steven at 2008-6-19 18:08:
可以用Sybyl来做，写个脚本批量处理。我之前处理过给ACD，CMC，MDDR等数据库加氢、加Gasteiger-Huckel电荷、能量优化。

谢谢， 能给我发个脚本吗，是新手，对sybyl的脚本编写不懂。
赞一下 回复此楼
3楼2008-06-19 18:47:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linxi1454

银虫 (正式写手)
电荷最好用dmol算一下
赞一下 回复此楼
4楼2008-06-20 13:11:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
现在的sybyl版本的spl脚本已经没有了！    不能免费使用了！ 哪位站友能分享一下！？ 谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2008-06-20 14:26:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_steven

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢详细指点 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
可以用File里面的log command对一些操作进行记录

附件中包含addhq.spl.rar，下载后将后缀.rar删除。

addhq.spl脚本先将分子读入M1区域，然后删除其中所有的H原子，再添加H原子（防止原始文件中分子中H原子存在问题）。再添加Gasteiger-Huckel电荷，用powell方法优化1000步。然后保存。

具体使用方法：
新建一个文件夹（如Minimization），如果是批量的mol2分子，将其分割程单个的mol2文件放在Minimization文件夹，将addhq.spl拷贝到该文件夹。然后在Minimization文件夹同一层新建名为result的文件夹（用于存放能量优化1000步之后的结果）。进入Minimization文件夹，执行
    sybyl < addhq.spl
优化完之后结果保存在result文件夹中。

[ Last edited by _steven on 2008-6-22 at 01:10 ]
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2008-06-22 00:41:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aladin8201

非常感谢_steven  的帮助！多谢
赞一下 回复此楼
7楼2008-06-22 10:18:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ky96998

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
用MSS打开数据库，在compute-charges在里面选电荷类型就能添加了。不用编什么脚本
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-06-23 00:21:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 aladin8201 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 0703求调剂383分 +8 W55j 2026-04-03 8/400 2026-04-04 20:09 by xhai2011
[考研] 0835学硕299求调剂 08大类可接受 +5 useryy 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:07 by 蓝云思雨
[考研] 291求调剂 +4 迷蒙木木 2026-04-01 5/250 2026-04-04 15:59 by sihailian3
[考研] 电子信息调剂交叉学科有推荐吗 +6 jhtfeybgj 2026-04-01 8/400 2026-04-04 07:52 by 1753564080
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +7 Yam. 2026-03-30 8/400 2026-04-03 14:12 by zhangdingwa
[考研] 求调剂 +9 akdhjs 2026-03-31 11/550 2026-04-03 13:32 by akdhjs
[考研] 274求调剂 +10 薛定谔的虎。 2026-04-01 10/500 2026-04-03 10:13 by tianyyysss
[考研] 一志愿深大085601材料工程专业（专硕）300分可以调剂去哪 +8 10160315 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:36 by hypershenger
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 285求调剂 +8 AZMK 2026-04-02 11/550 2026-04-02 20:16 by yulian1987
[考研] 22408 266求调剂 +3 masss11222 2026-04-02 3/150 2026-04-02 18:11 by 笔落锦州
[考研] 材料工程322分 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:53 by 3041
[考博] 26年申博 +3 staryer 2026-03-30 4/200 2026-04-01 23:21 by ai4pharm
[考研] 环境工程调剂 +9 hyzzzzzzz. 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:20 by salamander`
[考研] 326求调剂 +4 崽崽仔 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:58 by 我的船我的海
[考研] 0710生物学求调剂！ +6 叙述文 2026-03-31 6/300 2026-04-01 09:39 by JourneyLucky
[考研] 0703化学321分求调剂 +10 三dd. 2026-03-30 11/550 2026-03-30 19:24 by markhwc
[考研] 材料专硕 085600求调剂 +7 BBQ233 2026-03-30 7/350 2026-03-30 17:44 by oooqiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭