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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助]如何给小分子数据库加原子电荷
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aladin8201

[交流] [求助]如何给小分子数据库加原子电荷

如题，请问我有一个mol2格式的小分子数据库，我如何能批量的给这个小分子数据库文件中的每一个小分子添加原子电荷，有什么软件可以完成吗？

谢谢！！！！
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1楼 2008-06-19 17:51:39
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_steven

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
可以用Sybyl来做，写个脚本批量处理。我之前处理过给ACD，CMC，MDDR等数据库加氢、加Gasteiger-Huckel电荷、能量优化。
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2楼2008-06-19 18:08:54
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aladin8201

引用回帖:
Originally posted by _steven at 2008-6-19 18:08:
可以用Sybyl来做，写个脚本批量处理。我之前处理过给ACD，CMC，MDDR等数据库加氢、加Gasteiger-Huckel电荷、能量优化。

谢谢， 能给我发个脚本吗，是新手，对sybyl的脚本编写不懂。
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3楼2008-06-19 18:47:55
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linxi1454

银虫 (正式写手)
电荷最好用dmol算一下
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4楼2008-06-20 13:11:01
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
现在的sybyl版本的spl脚本已经没有了！    不能免费使用了！ 哪位站友能分享一下！？ 谢谢！
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5楼2008-06-20 14:26:40
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_steven

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢详细指点 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
可以用File里面的log command对一些操作进行记录

附件中包含addhq.spl.rar，下载后将后缀.rar删除。

addhq.spl脚本先将分子读入M1区域，然后删除其中所有的H原子，再添加H原子（防止原始文件中分子中H原子存在问题）。再添加Gasteiger-Huckel电荷，用powell方法优化1000步。然后保存。

具体使用方法：
新建一个文件夹（如Minimization），如果是批量的mol2分子，将其分割程单个的mol2文件放在Minimization文件夹，将addhq.spl拷贝到该文件夹。然后在Minimization文件夹同一层新建名为result的文件夹（用于存放能量优化1000步之后的结果）。进入Minimization文件夹，执行
    sybyl < addhq.spl
优化完之后结果保存在result文件夹中。

[ Last edited by _steven on 2008-6-22 at 01:10 ]
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6楼2008-06-22 00:41:44
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aladin8201

非常感谢_steven  的帮助！多谢
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7楼2008-06-22 10:18:43
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ky96998

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
用MSS打开数据库，在compute-charges在里面选电荷类型就能添加了。不用编什么脚本
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8楼2008-06-23 00:21:31
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