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[交流]
[求助]如何给小分子数据库加原子电荷
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如题，请问我有一个mol2格式的小分子数据库，我如何能批量的给这个小分子数据库文件中的每一个小分子添加原子电荷，有什么软件可以完成吗？ 谢谢！！！！ |
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢详细指点 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
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可以用File里面的log command对一些操作进行记录 附件中包含addhq.spl.rar，下载后将后缀.rar删除。 addhq.spl脚本先将分子读入M1区域，然后删除其中所有的H原子，再添加H原子（防止原始文件中分子中H原子存在问题）。再添加Gasteiger-Huckel电荷，用powell方法优化1000步。然后保存。 具体使用方法： 新建一个文件夹（如Minimization），如果是批量的mol2分子，将其分割程单个的mol2文件放在Minimization文件夹，将addhq.spl拷贝到该文件夹。然后在Minimization文件夹同一层新建名为result的文件夹（用于存放能量优化1000步之后的结果）。进入Minimization文件夹，执行 sybyl < addhq.spl 优化完之后结果保存在result文件夹中。 [ Last edited by _steven on 2008-6-22 at 01:10 ] |
6楼2008-06-22 00:41:44
7楼2008-06-22 10:18:43
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