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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测序小RNA文库，鉴定植物病毒，用生物信息学如何分析
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秸秆LXM

金虫 (小有名气)

[求助] 测序小RNA文库，鉴定植物病毒，用生物信息学如何分析 已有2人参与

小弟我把有植物病毒的花叶做了小RNA文库，公司没有帮我分析，现在需要分析是哪种病毒，小弟我没有接触过生物信息学，所以请高手指点一下，如何鉴定这个病毒
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秸秆LXM

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做好自己，做自己想做的事情。
1楼 2015-03-09 21:35:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

没有做基因组测序吗？你现在手里有什么数据？
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
3楼2015-03-10 11:03:10
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 秸秆LXM at 2015-03-11 10:48:58
你能不能把怎么做进化树的方法和思路告诉我一下，非常感谢

因为不太了解你实验的设计和目的，如果单从做进化树的角度，一般可以用核酸序列或者氨基酸序列来做，但是要统一。比如我一般都是用蛋白的序列，就是搜集和你目的蛋白相似性高的其他相邻物种蛋白序列或者模式生物蛋白序列。然后用MEGA 5.0 软件，一般构建的树（方法）有3种 邻近法 最大似然法 还有一种忘了，根据需要选，或者都可以尝试主要就是软件上的操作了，先比对序列，然后选择方法构建，也不难，你百度一下，都有介绍怎么操作的，很方便的。
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9楼2015-03-11 17:41:14
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gnot_nail

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 秸秆LXM at 2015-03-11 10:48:58
你能不能把怎么做进化树的方法和思路告诉我一下，非常感谢

具体原理我说不清，大致思路的话我个人理解是：把你的目的序列和搜集到的其他物种序列 比对后，用MEGA软件，通过不同算法，计算物种之间的进化距离，然后会有一个分类，计算时候会让你选择重复次数，可以选择1000次，然后最后会得出一个 bootstrap，简单解释就是概率，就是把你这个目的蛋白和其他物种归为一类的概率，或者说可信度。然后还会提供进化距离，会显示和其他物种亲缘关系的远近。我的表述或许不太准确，大致这个理解。
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10楼2015-03-11 17:50:54
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普通回帖

xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没做基因组测序吗
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2015-03-10 11:02:21
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秸秆LXM

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-10 11:03:10
没有做基因组测序吗？你现在手里有什么数据？

已经做了基因测序，还有做了小RNA文库
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做好自己，做自己想做的事情。
4楼2015-03-10 11:33:42
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秸秆LXM

金虫 (小有名气)
已经做了基因组测序，但是听说小RNA的文库做的病毒鉴定更有说服力
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做好自己，做自己想做的事情。
5楼2015-03-10 11:34:57
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
秸秆LXM(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-10 22:40:37
小RNA文库，不太了解，如果是大致鉴别这个病毒的话，可以试试把测序的序列拿去NCBI里blast，然后可以搜集相似性较高的多个不同物种序列，然后做进化树，就可以大致知道你的这个病毒处于哪种分类了。
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6楼2015-03-10 12:18:32
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秸秆LXM

金虫 (小有名气)
送红花一朵
现在是在网上有这方面的分析，但是就是不知道用什么软件，你主要是做什么方面的
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做好自己，做自己想做的事情。
7楼2015-03-10 20:06:25
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秸秆LXM

金虫 (小有名气)
你能不能把怎么做进化树的方法和思路告诉我一下，非常感谢
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做好自己，做自己想做的事情。
8楼2015-03-11 10:48:58
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