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秸秆LXM

金虫 (小有名气)

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专业: 环境工程

[求助] 测序小RNA文库，鉴定植物病毒，用生物信息学如何分析已有2人参与

小弟我把有植物病毒的花叶做了小RNA文库，公司没有帮我分析，现在需要分析是哪种病毒，小弟我没有接触过生物信息学，所以请高手指点一下，如何鉴定这个病毒

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秸秆LXM

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做好自己，做自己想做的事情。

1楼2015-03-09 21:35:38

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gnot_nail

金虫 (正式写手)

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专业: 生物化学

【答案】应助回帖

引用回帖:

8楼: Originally posted by 秸秆LXM at 2015-03-11 10:48:58
你能不能把怎么做进化树的方法和思路告诉我一下，非常感谢

因为不太了解你实验的设计和目的，如果单从做进化树的角度，一般可以用核酸序列或者氨基酸序列来做，但是要统一。比如我一般都是用蛋白的序列，就是搜集和你目的蛋白相似性高的其他相邻物种蛋白序列或者模式生物蛋白序列。然后用MEGA 5.0 软件，一般构建的树（方法）有3种邻近法最大似然法还有一种忘了，根据需要选，或者都可以尝试主要就是软件上的操作了，先比对序列，然后选择方法构建，也不难，你百度一下，都有介绍怎么操作的，很方便的。