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秸秆LXM

金虫 (小有名气)

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[求助] 测序小RNA文库，鉴定植物病毒，用生物信息学如何分析已有2人参与

小弟我把有植物病毒的花叶做了小RNA文库，公司没有帮我分析，现在需要分析是哪种病毒，小弟我没有接触过生物信息学，所以请高手指点一下，如何鉴定这个病毒

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秸秆LXM

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做好自己，做自己想做的事情。

1楼2015-03-09 21:35:38

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gnot_nail

金虫 (正式写手)

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专业: 生物化学

引用回帖:

8楼: Originally posted by 秸秆LXM at 2015-03-11 10:48:58
你能不能把怎么做进化树的方法和思路告诉我一下，非常感谢

具体原理我说不清，大致思路的话我个人理解是：把你的目的序列和搜集到的其他物种序列比对后，用MEGA软件，通过不同算法，计算物种之间的进化距离，然后会有一个分类，计算时候会让你选择重复次数，可以选择1000次，然后最后会得出一个 bootstrap，简单解释就是概率，就是把你这个目的蛋白和其他物种归为一类的概率，或者说可信度。然后还会提供进化距离，会显示和其他物种亲缘关系的远近。我的表述或许不太准确，大致这个理解。