应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 3797  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

15216105346

金虫 (著名写手)

[求助] 为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！ 已有1人参与

我把Dreiding力场的默认L_J-12-6形式改成需要的Buckingham形式，势参数选用某篇文献，最后使用自己改进的力场对体系进行几何优化， 发现体系无论在优化前还是优化后都大的离奇，71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol。


请问哪里错了，是不是修改Dreiding力场过程中有什么问题？还是别的什么



Forcite
-------
Task             : Geometry Optimization
Version          : 7.0
Build date       : Nov 12 2013
Host             : xuzhenming
Threads          : Parallel 4
Operating system : Windows
Task started     : Tue Jan 27 23:43:32 2015

---- Geometry optimization parameters ----

Algorithm                       : Smart
Convergence tolerance:
  Energy                        : 0.001 kcal/mol
  Force                         : 0.5 kcal/mol/A
Dreiding

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : \xuzhenming（Dreiding的改动）
Charges                         : Charge using QEq
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 12.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Long range correction         : YES
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Initial structure ----

Total enthalpy                  : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol

Total energy                    : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Non-bond energy               : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
    van der Waals               : 20608469379.584
    Long range correction       : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
    Electrostatic               :    -1033129.589

rms force  : 6.592E+004 kcal/mol/A     
max force  : 2.059E+005 kcal/mol/A
      
Cell parameters:    a:  33.799800 A    b:  33.763800 A    c:  47.771400 A   
                alpha:  90.000 deg  beta:  90.000 deg gamma:  90.000 deg
WARNING No progress. Optimization with current method stopped.

---- Final structure ----

Total enthalpy                  : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol

Total energy                    : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Non-bond energy               : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
    van der Waals               : 20029421699.475
    Long range correction       : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
    Electrostatic               :       91604.397

rms force  : 7.466E+004 kcal/mol/A     
max force  : 4.661E+005 kcal/mol/A
      
Cell parameters:    a:  33.799800 A    b:  33.763800 A    c:  47.771400 A   
                alpha:  90.000 deg  beta:  90.000 deg gamma:  90.000 deg

WARNING Convergence criteria are not satisfied.

为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！
范德华项.jpg


为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-1
库伦项.jpg


为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-2
我的目标势函数形式.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-28 00:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
15216105346(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-28 09:14:49
会不会是单位不一致？
MS里是kcal/mol，国际单位应该是kJ/mol
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-01-28 08:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 08:47:24
会不会是单位不一致？
MS里是kcal/mol，国际单位应该是kJ/mol

单位不会存在问题的，文献是原子单位a.u，我已经转换成kcal/mol了。
刚用这个修改的力场跑完动力学，结果震惊了，密度未变（为晶体密度），温度始终为0，压强超大。。晶体熔融后原子尽然分层，帮我再利用这些信息分析一下错在哪里？




---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NPT
Temperature                     : 1300.00 K
  Control method                : Nose
  Q ratio                       : 0.0100000
Pressure                        : 0.0001 GPa
  Control method                : Berendsen
  Decay constant                : 0.1000000 ps
Timestep                        : 1.00 fs
Number of steps                 : 100000
Duration                        : 100 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1422376112

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : \xuzhenming
Charges                         : Charge using QEq
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 12.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Long range correction         : YES
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 334.727 kcal/mol*ps^2



---- Dynamics summary ----

                             Initial        Final      Average    Std. Dev.
                             -------        -----      -------    ---------
Tot. energy (kcal/mol)     71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000        0.000
Pot. energy (kcal/mol)     71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000        0.000
Kin. energy (kcal/mol)     16736.333        0.000     1674.217    523823.583
Tot. enthalpy (kcal/mol)   143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000    143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000    143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000        0.000
Temperature (K)             1300.000        0.000      130.045    40688.165
Pressure (GPa)             9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000    9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000    9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000        0.000
Volume (A^3)               54517.184    54517.184    54517.184        0.000
Density (g/cm^3)               2.762        2.762        2.762        0.000




Task terminated               : Wed Jan 28 10:24:16 2015
Total CPU time used by Forcite: 9:13:32 hours (33211.5s)

Termination status : Normal
为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-3
密度始终为晶体密度.jpg


为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-4
温度始终为0.jpg


为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-5
原子分层.jpg
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-28 10:55:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by 15216105346 at 2015-01-28 10:55:29
单位不会存在问题的，文献是原子单位a.u，我已经转换成kcal/mol了。
刚用这个修改的力场跑完动力学，结果震惊了，密度未变（为晶体密度），温度始终为0，压强超大。。晶体熔融后原子尽然分层，帮我再利用这些信息 ...

能不能把你的参考文献发一下？我看看能不能改出来
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-01-28 11:01:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 11:01:21
能不能把你的参考文献发一下？我看看能不能改出来...

只考虑Na、Al、F这三种元素。
谢谢啊！
为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-6
势参数，原子单位.gif


为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-7
文献参数形式.jpg
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表
5楼2015-01-28 11:13:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
15216105346: 金币+29, ★★★★★最佳答案 2015-01-28 18:48:55
引用回帖:
5楼: Originally posted by 15216105346 at 2015-01-28 11:13:01
只考虑Na、Al、F这三种元素。
谢谢啊！

势参数，原子单位.gif

文献参数形式.jpg
...

buckingham里的β单位是A^-1，文献里是a.u.，你需要转换一下
下面的数据是我试着转的 你看看对不对
为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-8

我取一个NaF的晶胞（4.6A*4.6A*4.6A)，简单计算下，标准dreiding力场NVT 1300K，平衡10fs

取最后一帧计算energy，van der waals，dreiding的结果是126.68kJ/mol，换buckingham修改后的是66.082，compass是89.395

buckingham修改后的和compass结果还是接近的，也没有出现很离谱的数值，计算后的β应该是合理的
Electrostatic我全删掉了，不删掉也不影响van der waals

我猜主要是你的β数值问题，你可以修改后再看看
（NVT系综密度肯定是不变的）
为什么修改Dreiding力场形式用文献的势参数，体系势能大的离谱！-9
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2015-01-28 16:50:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 16:50:20
buckingham里的β单位是A^-1，文献里是a.u.，你需要转换一下
下面的数据是我试着转的 你看看对不对


我取一个NaF的晶胞（4.6A*4.6A*4.6A)，简单计算下，标准dreiding力场NVT 1300K，平衡10fs

取最后一帧计 ...

谢谢您的帮忙！
回复此楼
7楼2015-01-28 18:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

176286641cc

新虫 (小有名气)
把Dreiding力场的默认L_J-12-6形式改成需要的Buckingham形式，势参数选用某篇文献，，，
请问楼主是怎么做的？我们找不到在哪里修改力场形式，希望楼主不吝赐教！
赞一下 回复此楼
小虫期待破茧成蝶！
8楼2015-04-22 17:27:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunep07

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2015-09-18 12:40:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 15216105346 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕调剂 +9 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 10/500 2026-04-07 22:48 by 来看流星雨10
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业 +9 what张 2026-04-01 11/550 2026-04-07 09:45 by momo皓
[考研] 0703化学调剂325分 +12 15771691647 2026-04-04 13/650 2026-04-06 12:00 by lijunpoly
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 22:23 by hemengdong
[考研] 275求调剂 +16 waltzh 2026-04-01 16/800 2026-04-05 17:14 by Hdyxbekcb
[考研] 材料调剂 +9 革微桂 2026-04-04 9/450 2026-04-05 08:27 by 544594351
[考研] 材料与化工306分找调剂 +23 沧海轻舟e 2026-04-02 27/1350 2026-04-04 21:52 by laoshidan
[考研] 277求调剂 +4 12A3 2026-04-02 5/250 2026-04-04 20:28 by 蓝云思雨
[考研] 342求调剂 +3 Liang7111 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:47 by dongzh2009
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 085701求调剂 +7 龚禹铭 2026-04-04 8/400 2026-04-04 13:49 by 小小树2024
[考研] 320调剂 +4 农业工程与信息� 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:40 by lbsjt
[考研] 学硕288调剂!!! +3 小王xw123 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:20 by 啵啵啵0119
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦！ 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 重庆大学材料与化工085600，初试370+，求求调剂建议 +8 shzhou_ 2026-04-01 9/450 2026-04-03 09:31 by 蓝云思雨
[考研] 302求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-02 9/450 2026-04-02 23:07 by 马儿快快地跑
[考研] 348求调剂 +6 吴彦祖24k 2026-04-02 6/300 2026-04-02 14:07 by 给你你注意休息
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 09:15 by olim
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭