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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » MS里三斜晶系的坐标导入lammps里有变化
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xifan02

新虫 (初入文坛)

[求助] MS里三斜晶系的坐标导入lammps里有变化

我想把在MS里建的HCP结构导入lammps计算。如果建的是正交的HCP，那么导出后原子的坐标和在MS里的实际坐标（即不是分数的那个坐标）是一样的。可是当我建三斜的HCP结构时，导出的坐标与MS里的实际坐标完全不同。
在MS里，建的三斜晶体的坐标是  （括号里是对应的分数坐标）
1        1        0        0        0                                  （0 0 0）
2        1        0.771363 4.45060 5.61922         （1/6 5/6 1/2）
3        1        1.54273 2.26725 1.71039           （1/3 1/3 0）
4        1        2.31409 1.74238 4.76403           （1/2 1/6 1/2）
5        1        3.08545 4.53449 3.42077           （2/3 2/3 0）
6        1        3.85681 4.00962 6.47441            （5/6 1/2 1/2）
导出来之后就变成了
1        1        0        0        0
2        1        4.66499        4.848        2.591
3        1        2.79899        1.616        0
4        1        4.66499        1.616        2.591
5        1        5.59799        3.232        0
6        1        7.46398        3.232        2.591
感觉是跟着分数坐标在走。

这是什么原因，有什么解决办法吗？
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1楼 2015-01-25 21:00:29
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