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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » cpu效率低下
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swuhaizhilan

金虫 (小有名气)

[求助] cpu效率低下 已有2人参与

如题
1、用mpich2编译出来的vasp，cpu的效率很低，top一下%us一会接近百分之百，一会又接近0，%id和%sy跟正常的比非常高          八核的电脑算八个原子都算不动，估计跟单核速度差不多      这应该怎么办呀，是哪些设置出了问题，实在是找不到原因
2、用的数学库和Fortran是intel的，openmpi编译出来可以正常算

cpu效率低下
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1楼 2015-01-24 08:04:32
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swuhaizhilan: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-24 15:02:04
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-01-25 17:34:45
官方有说明，openmpi确实会比mpich2编译出来的快。既然openmpi能正常跑，为什么还要用mpich2呢？
intel官方的impi速度也还不错，跨节点能力也很强，也可以试试这个
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2楼2015-01-24 09:00:23
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ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swuhaizhilan: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-24 15:09:38
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-01-25 17:34:52
引用回帖:
top一下%us一会接近百分之百，一会又接近0

vasp在计算的时候在执行不同步骤时，需要的cpu不一样造成的吧！
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不要说话
3楼2015-01-24 09:10:37
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swuhaizhilan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-24 09:00:23
官方有说明，openmpi确实会比mpich2编译出来的快。既然openmpi能正常跑，为什么还要用mpich2呢？
intel官方的impi速度也还不错，跨节点能力也很强，也可以试试这个

谢谢提醒     我以为mpich2比openmpi快所以一直在尝试，可惜还是没搞出来      intel的不是要收费吗？你们怎么获得的呀？
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4楼2015-01-24 15:07:52
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swuhaizhilan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ljw4010 at 2015-01-24 09:10:37
vasp在计算的时候在执行不同步骤时，需要的cpu不一样造成的吧！

恩      知不知道这个主要是哪些原因造成的呀？有没有什么解决办法
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5楼2015-01-24 15:09:30
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ZqCSky

铁杆木虫 (著名写手)
ding
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pymol 教程： http://pymol.chenzhaoqiang.com
6楼2015-01-24 15:26:35
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swuhaizhilan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ZqCSky at 2015-01-24 15:26:35
ding

7楼2015-01-25 08:52:10
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-01-25 17:34:59
内容已删除
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8楼2015-01-25 08:57:48
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