应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » CPMD跨节点测试讨论
51/1返回列表
查看: 1744  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[交流] CPMD跨节点测试讨论 已有3人参与

由于计算体系比较大，进行了一次跨节点测试，结果如下：
_________________________________________________________________________________
Package         :CPMD-3.13.2
Atoms           :28
Steps           :100
cpu name        : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5620  @ 2.40GHz
cpu MHz                : 1600.000
cache size        : 12288 KB
Task            :Molecular Dynamics(By xk6891 @9.10.2011)
Processors      CPU_total Time      Elapsed_total Time      Peak Memory      CPU_step Time        CPU/Elapsed_total            
(node*pro)            (s)                    (s)                     (Mb)                (s)                    (%)
   1*1(1)           370.50               387.55                256.6             7.6315               95.60
   1*2(2)           171.49               179.12                133.5             3.5349               95.74
   1*3(3)           164.16               170.10                  93.9             3.3532               96.51
   1*4(4)           113.98               118.80                  72.6             2.3430               95.94
   1*5(5)           127.91               132.26                  61.0             2.6110               96.71
   1*6(6)             95.05               100.11                  51.3             1.9683               94.95
   1*7(7)           108.05               112.10                  45.6             2.2114               96.39
   1*8(8)             93.11               100.63                  42.3             1.9781               92.53
   3*4(12)           54.30               206.41                  31.7             4.0891               26.31
   2*8(16)           63.88               272.85                  27.6             5.3826               23.41
   3*8(24)           32.05               281.70                  22.3             5.5381               11.38
_______________________________________________________________________________
这里的CPU time和Elapsed time来自每次计算后的Time中的值，应当分别代表是CPU计算时间和总的消耗时间吧。后面三个的跨节点运算效率极低，这是为什么呢？节点间的通信效率太低，还是脚本写的问题？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
1楼 2011-09-12 18:57:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-16 13:10:51
用了11个核，跨了3个节点？

跨节点主要是通信效率低吧。Wei老师那一台深腾好像节点间通信有问题。不像是千兆网。所以要尽量用一个节点，8个核，我觉得跑100个原子的体系，平均2-3天应该能跑一个皮秒。跑20个皮秒的话，一个月左右。

要更快的话，看能不能用上海的超算中心。至少32个核跑。基本上一个星期能跑一个20皮秒左右的结果出来。时间耗不起啊。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-09-16 06:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-09-16 06:37:59:
用了11个核，跨了3个节点？

跨节点主要是通信效率低吧。Wei老师那一台深腾好像节点间通信有问题。不像是千兆网。所以要尽量用一个节点，8个核，我觉得跑100个原子的体系，平均2-3天应该能跑一个皮秒。跑20个皮 ...

3*4(12)   代表3个节点，每个节点上4个核，共用12个核
师兄，确实跨节点效率太低了。不过服务器上也就这么多资源，也需要给别人留些资源。
现在跑的体系小，过一段我测试一个大的，试一试。
赞一下 回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
3楼2011-09-16 10:30:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-09-19 15:05:26
引用回帖:
1楼: Originally posted by xk6891 at 2011-09-12 18:57:02:
由于计算体系比较大，进行了一次跨节点测试，结果如下：
_________________________________________________________________________________
Package         :CPMD-3.13.2
Atoms           :28
Steps     ...

可能2，3节点有其他大通信量的程序在运行，占用带宽。算东西，其实就4个字：自私，独裁。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-09-19 14:37:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教，楼主怎么测试的，我也想在我这测试一下，方便详细说明一下么，看看能不能跨节点并行。谢谢
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
5楼2014-11-04 14:17:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xk6891 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 6/300 2026-08-04 11:36 by MWRYsWbJw4DE
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 6/300 2026-08-04 11:34 by MWRYsWbJw4DE
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:26 by MWRYsWbJw4DE
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 f1dmPx051StA 2026-08-03 7/350 2026-08-04 09:31 by v1TJC4qJauAB
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 5/250 2026-08-04 09:27 by v1TJC4qJauAB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 10/500 2026-08-04 09:26 by v1TJC4qJauAB
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 9/450 2026-08-04 09:17 by v1TJC4qJauAB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 10/500 2026-08-04 09:15 by v1TJC4qJauAB
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 10/500 2026-08-04 08:05 by 88817753
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 9/450 2026-08-04 07:37 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 13/650 2026-08-04 07:30 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 03:21 by k7OM8YghWbkC
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭