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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » CPMD跨节点测试讨论
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[交流] CPMD跨节点测试讨论 已有3人参与

由于计算体系比较大，进行了一次跨节点测试，结果如下：
_________________________________________________________________________________
Package         :CPMD-3.13.2
Atoms           :28
Steps           :100
cpu name        : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5620  @ 2.40GHz
cpu MHz                : 1600.000
cache size        : 12288 KB
Task            :Molecular Dynamics(By xk6891 @9.10.2011)
Processors      CPU_total Time      Elapsed_total Time      Peak Memory      CPU_step Time        CPU/Elapsed_total            
(node*pro)            (s)                    (s)                     (Mb)                (s)                    (%)
   1*1(1)           370.50               387.55                256.6             7.6315               95.60
   1*2(2)           171.49               179.12                133.5             3.5349               95.74
   1*3(3)           164.16               170.10                  93.9             3.3532               96.51
   1*4(4)           113.98               118.80                  72.6             2.3430               95.94
   1*5(5)           127.91               132.26                  61.0             2.6110               96.71
   1*6(6)             95.05               100.11                  51.3             1.9683               94.95
   1*7(7)           108.05               112.10                  45.6             2.2114               96.39
   1*8(8)             93.11               100.63                  42.3             1.9781               92.53
   3*4(12)           54.30               206.41                  31.7             4.0891               26.31
   2*8(16)           63.88               272.85                  27.6             5.3826               23.41
   3*8(24)           32.05               281.70                  22.3             5.5381               11.38
_______________________________________________________________________________
这里的CPU time和Elapsed time来自每次计算后的Time中的值，应当分别代表是CPU计算时间和总的消耗时间吧。后面三个的跨节点运算效率极低，这是为什么呢？节点间的通信效率太低，还是脚本写的问题？
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
1楼 2011-09-12 18:57:02
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-09-19 15:05:26
引用回帖:
1楼: Originally posted by xk6891 at 2011-09-12 18:57:02:
由于计算体系比较大，进行了一次跨节点测试，结果如下：
_________________________________________________________________________________
Package         :CPMD-3.13.2
Atoms           :28
Steps     ...

可能2，3节点有其他大通信量的程序在运行，占用带宽。算东西，其实就4个字：自私，独裁。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-09-19 14:37:53
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-16 13:10:51
用了11个核，跨了3个节点？

跨节点主要是通信效率低吧。Wei老师那一台深腾好像节点间通信有问题。不像是千兆网。所以要尽量用一个节点，8个核，我觉得跑100个原子的体系，平均2-3天应该能跑一个皮秒。跑20个皮秒的话，一个月左右。

要更快的话，看能不能用上海的超算中心。至少32个核跑。基本上一个星期能跑一个20皮秒左右的结果出来。时间耗不起啊。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-09-16 06:37:59
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-09-16 06:37:59:
用了11个核，跨了3个节点？

跨节点主要是通信效率低吧。Wei老师那一台深腾好像节点间通信有问题。不像是千兆网。所以要尽量用一个节点，8个核，我觉得跑100个原子的体系，平均2-3天应该能跑一个皮秒。跑20个皮 ...

3*4(12)   代表3个节点，每个节点上4个核，共用12个核
师兄，确实跨节点效率太低了。不过服务器上也就这么多资源，也需要给别人留些资源。
现在跑的体系小，过一段我测试一个大的，试一试。
赞一下 回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
3楼2011-09-16 10:30:33
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教，楼主怎么测试的，我也想在我这测试一下，方便详细说明一下么，看看能不能跨节点并行。谢谢
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
5楼2014-11-04 14:17:12
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