应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » CPMD跨节点测试讨论
51/1返回列表
查看: 1567  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[交流] CPMD跨节点测试讨论 已有3人参与

由于计算体系比较大，进行了一次跨节点测试，结果如下：
_________________________________________________________________________________
Package         :CPMD-3.13.2
Atoms           :28
Steps           :100
cpu name        : Intel(R) Xeon(R) CPU           E5620  @ 2.40GHz
cpu MHz                : 1600.000
cache size        : 12288 KB
Task            :Molecular Dynamics(By xk6891 @9.10.2011)
Processors      CPU_total Time      Elapsed_total Time      Peak Memory      CPU_step Time        CPU/Elapsed_total            
(node*pro)            (s)                    (s)                     (Mb)                (s)                    (%)
   1*1(1)           370.50               387.55                256.6             7.6315               95.60
   1*2(2)           171.49               179.12                133.5             3.5349               95.74
   1*3(3)           164.16               170.10                  93.9             3.3532               96.51
   1*4(4)           113.98               118.80                  72.6             2.3430               95.94
   1*5(5)           127.91               132.26                  61.0             2.6110               96.71
   1*6(6)             95.05               100.11                  51.3             1.9683               94.95
   1*7(7)           108.05               112.10                  45.6             2.2114               96.39
   1*8(8)             93.11               100.63                  42.3             1.9781               92.53
   3*4(12)           54.30               206.41                  31.7             4.0891               26.31
   2*8(16)           63.88               272.85                  27.6             5.3826               23.41
   3*8(24)           32.05               281.70                  22.3             5.5381               11.38
_______________________________________________________________________________
这里的CPU time和Elapsed time来自每次计算后的Time中的值，应当分别代表是CPU计算时间和总的消耗时间吧。后面三个的跨节点运算效率极低，这是为什么呢？节点间的通信效率太低，还是脚本写的问题？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
1楼 2011-09-12 18:57:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-09-19 15:05:26
引用回帖:
1楼: Originally posted by xk6891 at 2011-09-12 18:57:02:
由于计算体系比较大，进行了一次跨节点测试，结果如下：
_________________________________________________________________________________
Package         :CPMD-3.13.2
Atoms           :28
Steps     ...

可能2，3节点有其他大通信量的程序在运行，占用带宽。算东西，其实就4个字：自私，独裁。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-09-19 14:37:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-16 13:10:51
用了11个核，跨了3个节点？

跨节点主要是通信效率低吧。Wei老师那一台深腾好像节点间通信有问题。不像是千兆网。所以要尽量用一个节点，8个核，我觉得跑100个原子的体系，平均2-3天应该能跑一个皮秒。跑20个皮秒的话，一个月左右。

要更快的话，看能不能用上海的超算中心。至少32个核跑。基本上一个星期能跑一个20皮秒左右的结果出来。时间耗不起啊。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-09-16 06:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-09-16 06:37:59:
用了11个核，跨了3个节点？

跨节点主要是通信效率低吧。Wei老师那一台深腾好像节点间通信有问题。不像是千兆网。所以要尽量用一个节点，8个核，我觉得跑100个原子的体系，平均2-3天应该能跑一个皮秒。跑20个皮 ...

3*4(12)   代表3个节点，每个节点上4个核，共用12个核
师兄，确实跨节点效率太低了。不过服务器上也就这么多资源，也需要给别人留些资源。
现在跑的体系小，过一段我测试一个大的，试一试。
赞一下 回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
3楼2011-09-16 10:30:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教，楼主怎么测试的，我也想在我这测试一下，方便详细说明一下么，看看能不能跨节点并行。谢谢
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
5楼2014-11-04 14:17:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂 +6 司空. 2026-03-18 6/300 2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 354求调剂 +4 Tyoumou 2026-03-18 7/350 2026-03-18 21:45 by Tyoumou
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +9 秋有木北 2026-03-14 9/450 2026-03-18 19:49 by macy2011
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +4 材化逐梦人 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:22 by 007_lilei
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:21 by kkcoco25
[考研] 307求调剂 +3 冷笙123 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:55 by macy2011
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +9 柴郡猫_ 2026-03-12 9/450 2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭