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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 如何在MS6.0的DMol3模块下，分析差分电荷密度，具体的操作怎样，新手求助，不胜感激
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小樱123

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何在MS6.0的DMol3模块下，分析差分电荷密度，具体的操作怎样，新手求助，不胜感激

还有，差分电荷密度和形变电荷密度有什么区别？
另外，有木有大神会DMol3模块的布局分析啊？
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1楼 2015-01-23 16:48:14
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-01-23 23:07:37
差分电荷指的是片段结合为体系前后电荷密度差，形变电荷指的是原子结合成体系前后的电荷密度差。

DMol3不能直接进行差分电荷的计算，需要手工处理。

如果一定要做，你可以将片段A和片段B结合的体系AB进行结构优化并计算电荷密度，然后对优化后的结构分别删去A（剩下B）进行保存以及删去B(剩下A)进行保存，之后分别按照完全一样精度以及一样的密度生成格点计算剩余的AB单独的片段的单点能及电荷密度，然后分别将grd文件提取出来，对三个grd文件对应的数据进行做差。所以这个过程建议采用PBC模式使得计算密度格点的边界以及网格一致，否则不能够做差。一般建议格点的生成精度不要小于fine。

至于三个格点文件都能够通过记事本打开，也可以改名字为txt通过origin打开，或者自己写程序使三个格点文件一一对应进行做差。

至于布居分析，DMol对于周期体系只能进行Mulliken和Hirshfeld布居，孤立体系还可以做overlap相关以及ESP的分析。这些在计算的对话框能够非常简单地实现。
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2楼2015-01-23 18:51:26
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ustc

金虫 (著名写手)
好东西！

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-01-24 08:14:07
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小樱123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-23 18:51:26
差分电荷指的是片段结合为体系前后电荷密度差，形变电荷指的是原子结合成体系前后的电荷密度差。

DMol3不能直接进行差分电荷的计算，需要手工处理。

如果一定要做，你可以将片段A和片段B结合的体系AB进行结构 ...

形变电荷密度和差分电荷密度有啥区别呢？
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4楼2015-01-30 16:57:29
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
gmy1990: 金币+2 2015-01-31 01:55:48
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小樱123 at 2015-01-30 16:57:29
形变电荷密度和差分电荷密度有啥区别呢？...

形变电荷指的是形成整个体系原子间的电荷得失，差分电荷指的是两个参考片段之间形成整个体系这些片段电荷的得失。

举个例子，比如CH3OH，如果形变电荷指的就是形成CH3OH之后各个原子电荷密度的变化；而差分电荷指的是：以CH3与OH形成CH3OH，那么形成前后电荷密度的变化，当然，参考的片段不同结果也是不同的，具体要看想考察那两个部分的结合，如H和CH3O得到的差分电荷与前面就不同。对于双原子分子，差分电荷等于形变电荷。
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5楼2015-01-30 21:01:46
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goudiaocao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-23 18:51:26
差分电荷指的是片段结合为体系前后电荷密度差，形变电荷指的是原子结合成体系前后的电荷密度差。

DMol3不能直接进行差分电荷的计算，需要手工处理。

如果一定要做，你可以将片段A和片段B结合的体系AB进行结构 ...

前辈你好，应该如何对三个格点不一致的grd文件做差？您说的采用PBC模式是什么啊？
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6楼2017-01-16 10:17:18
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
6楼: Originally posted by goudiaocao at 2017-01-16 10:17:18
前辈你好，应该如何对三个格点不一致的grd文件做差？您说的采用PBC模式是什么啊？...

格点不一致的话只能通过插值等方法（这就降低了可靠性）处理到格点一致，否则没有程序能够处理。PBC指的是周期性边界条件，只有这样你才能够保证同一原子能够在分数坐标重合以及格点边界尺寸一致。

实际上你要清楚电荷密度差在数值处理上的具体过程，实际就是密度的格点在实空间一一对应进行做差，要满足这个条件的话，你可以考虑一下应该怎么处理才不会引进其他的数值误差，看看是否和我前面提到的一致。
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7楼2017-01-16 12:33:04
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goudiaocao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-01-16 12:33:04
格点不一致的话只能通过插值等方法（这就降低了可靠性）处理到格点一致，否则没有程序能够处理。PBC指的是周期性边界条件，只有这样你才能够保证同一原子能够在分数坐标重合以及格点边界尺寸一致。

实际上你要清 ...

受教  非常感谢！

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8楼2017-01-16 14:42:42
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记忆中的红罂

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-30 21:01:46
形变电荷指的是形成整个体系原子间的电荷得失，差分电荷指的是两个参考片段之间形成整个体系这些片段电荷的得失。

举个例子，比如CH3OH，如果形变电荷指的就是形成CH3OH之后各个原子电荷密度的变化；而差分电荷 ...

前辈你好，我想问下在MS中的DMOL3中的deformation density 是不是差分电荷呢？那对于团簇体系来说，是不是只有差分电荷而不存在形变电荷密度呢？
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9楼2017-10-19 08:26:40
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