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如何在MS6.0的DMol3模块下，分析差分电荷密度，具体的操作怎样，新手求助，不胜感激
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还有，差分电荷密度和形变电荷密度有什么区别？ 另外，有木有大神会DMol3模块的布局分析啊？ |
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gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-01-23 23:07:37
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-01-23 23:07:37
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差分电荷指的是片段结合为体系前后电荷密度差，形变电荷指的是原子结合成体系前后的电荷密度差。 DMol3不能直接进行差分电荷的计算，需要手工处理。 如果一定要做，你可以将片段A和片段B结合的体系AB进行结构优化并计算电荷密度，然后对优化后的结构分别删去A（剩下B）进行保存以及删去B(剩下A)进行保存，之后分别按照完全一样精度以及一样的密度生成格点计算剩余的AB单独的片段的单点能及电荷密度，然后分别将grd文件提取出来，对三个grd文件对应的数据进行做差。所以这个过程建议采用PBC模式使得计算密度格点的边界以及网格一致，否则不能够做差。一般建议格点的生成精度不要小于fine。 至于三个格点文件都能够通过记事本打开，也可以改名字为txt通过origin打开，或者自己写程序使三个格点文件一一对应进行做差。 至于布居分析，DMol对于周期体系只能进行Mulliken和Hirshfeld布居，孤立体系还可以做overlap相关以及ESP的分析。这些在计算的对话框能够非常简单地实现。 |
2楼2015-01-23 18:51:26
ustc
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