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小樱123

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 如何在MS6.0的DMol3模块下，分析差分电荷密度，具体的操作怎样，新手求助，不胜感激

还有，差分电荷密度和形变电荷密度有什么区别？
另外，有木有大神会DMol3模块的布局分析啊？
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1楼 2015-01-23 16:48:14
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记忆中的红罂

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-30 21:01:46
形变电荷指的是形成整个体系原子间的电荷得失，差分电荷指的是两个参考片段之间形成整个体系这些片段电荷的得失。

举个例子，比如CH3OH，如果形变电荷指的就是形成CH3OH之后各个原子电荷密度的变化；而差分电荷 ...

前辈你好，我想问下在MS中的DMOL3中的deformation density 是不是差分电荷呢？那对于团簇体系来说，是不是只有差分电荷而不存在形变电荷密度呢？
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9楼2017-10-19 08:26:40
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卡开发发

无虫

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-01-23 23:07:37
差分电荷指的是片段结合为体系前后电荷密度差，形变电荷指的是原子结合成体系前后的电荷密度差。

DMol3不能直接进行差分电荷的计算，需要手工处理。

如果一定要做，你可以将片段A和片段B结合的体系AB进行结构优化并计算电荷密度，然后对优化后的结构分别删去A（剩下B）进行保存以及删去B(剩下A)进行保存，之后分别按照完全一样精度以及一样的密度生成格点计算剩余的AB单独的片段的单点能及电荷密度，然后分别将grd文件提取出来，对三个grd文件对应的数据进行做差。所以这个过程建议采用PBC模式使得计算密度格点的边界以及网格一致，否则不能够做差。一般建议格点的生成精度不要小于fine。

至于三个格点文件都能够通过记事本打开，也可以改名字为txt通过origin打开，或者自己写程序使三个格点文件一一对应进行做差。

至于布居分析，DMol对于周期体系只能进行Mulliken和Hirshfeld布居，孤立体系还可以做overlap相关以及ESP的分析。这些在计算的对话框能够非常简单地实现。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-01-23 18:51:26
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ustc

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
好东西！

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-01-24 08:14:07
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小樱123

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-23 18:51:26
差分电荷指的是片段结合为体系前后电荷密度差，形变电荷指的是原子结合成体系前后的电荷密度差。

DMol3不能直接进行差分电荷的计算，需要手工处理。

如果一定要做，你可以将片段A和片段B结合的体系AB进行结构 ...

形变电荷密度和差分电荷密度有啥区别呢？
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4楼2015-01-30 16:57:29
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