应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 甲烷水合物建模
111/2返回列表12下一页
查看: 4021  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

georgexuz

新虫 (初入文坛)

[求助] 甲烷水合物建模 已有1人参与

利用MS软件建甲烷和水合物晶胞，build选crystals建晶体，添加原子，结果氢原子多了好多，大神来解释

甲烷水合物建模
~0W~6J@98E5R@N35]ZR]U5R.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MS学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-12 15:26:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
georgexuz(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-13 10:05:03
georgexuz: 金币+10, ★有帮助 2015-01-14 21:38:59
建模的时候只要把C和O画出来
然后make P1
自动补足C和O上的H原子，就是水合物结构了

你多出来的H是因为对称性生成的
赞一下(2人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-01-13 08:58:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wgz_tju

金虫 (小有名气)
★ ★
georgexuz(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-13 07:52:05
内容已删除
回复此楼
2楼2015-01-12 20:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

georgexuz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-13 08:58:50
建模的时候只要把C和O画出来
然后make P1
自动补足C和O上的H原子，就是水合物结构了

你多出来的H是因为对称性生成的

多谢回答，如果氢原子的位置自动生成，文献中已经给了氢原子位置，生成的结构虽然氢原子数目对了，但也不太一样啊？
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-13 10:48:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

georgexuz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wgz_tju at 2015-01-12 20:02:19
直接下载一个单体结构就好了

这就是在网上下载，导入MS后就这样，自己一步步建也是这样
赞一下 回复此楼
5楼2015-01-13 10:50:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by georgexuz at 2015-01-13 10:48:37
多谢回答，如果氢原子的位置自动生成，文献中已经给了氢原子位置，生成的结构虽然氢原子数目对了，但也不太一样啊？...

如果不改空间群肯定会H原子多的

或者你把这个结构make P1 手动一个个删掉多余的H原子
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2015-01-13 10:58:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

23秒，32年

新虫 (初入文坛)
请问楼主后来是怎么解决的，卡在这里好久了，如果去掉对称性再自动加氢，好像生成的不是笼形结构
赞一下 回复此楼
7楼2016-10-26 15:10:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

23秒，32年

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by georgexuz at 2015-01-13 10:48:37
多谢回答，如果氢原子的位置自动生成，文献中已经给了氢原子位置，生成的结构虽然氢原子数目对了，但也不太一样啊？...

请问楼主后来是怎么解决的，卡在这里好久了，如果去掉对称性再自动加氢，好像生成的不是笼形结构
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-26 15:11:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hejupeng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 23秒，32年 at 2016-10-26 15:11:35
请问楼主后来是怎么解决的，卡在这里好久了，如果去掉对称性再自动加氢，好像生成的不是笼形结构...

我也想问一下，我的从晶体库导入到MS中，氢原子没有，想问一下

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2016-10-27 10:36:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱在离别时hy

新虫 (初入文坛)
请问下您是么建边界框子？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
10楼2017-02-28 14:13:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 georgexuz 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗？ 200+5 David1982 2026-10-13 8/400 2026-10-14 21:38 by lhw_GPA4.0
[硕博家园] 中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理 +3 sujiner 2026-10-08 4/200 2026-10-14 20:40 by qicaiyun
[职场人生] 40+中年人失业后，还能找到好工作吗？ +3 xqy2009 2026-10-13 3/150 2026-10-14 20:17 by 43358052
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭