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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 甲烷水合物建模
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georgexuz

新虫 (初入文坛)

[求助] 甲烷水合物建模 已有1人参与

利用MS软件建甲烷和水合物晶胞，build选crystals建晶体，添加原子，结果氢原子多了好多，大神来解释

甲烷水合物建模
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1楼 2015-01-12 15:26:33
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
georgexuz(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-13 10:05:03
georgexuz: 金币+10, ★有帮助 2015-01-14 21:38:59
建模的时候只要把C和O画出来
然后make P1
自动补足C和O上的H原子，就是水合物结构了

你多出来的H是因为对称性生成的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-01-13 08:58:50
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普通回帖

wgz_tju

金虫 (小有名气)
★ ★
georgexuz(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-13 07:52:05
内容已删除
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2楼2015-01-12 20:02:19
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georgexuz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-13 08:58:50
建模的时候只要把C和O画出来
然后make P1
自动补足C和O上的H原子，就是水合物结构了

你多出来的H是因为对称性生成的

多谢回答，如果氢原子的位置自动生成，文献中已经给了氢原子位置，生成的结构虽然氢原子数目对了，但也不太一样啊？
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4楼2015-01-13 10:48:37
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georgexuz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wgz_tju at 2015-01-12 20:02:19
直接下载一个单体结构就好了

这就是在网上下载，导入MS后就这样，自己一步步建也是这样
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5楼2015-01-13 10:50:53
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by georgexuz at 2015-01-13 10:48:37
多谢回答，如果氢原子的位置自动生成，文献中已经给了氢原子位置，生成的结构虽然氢原子数目对了，但也不太一样啊？...

如果不改空间群肯定会H原子多的

或者你把这个结构make P1 手动一个个删掉多余的H原子
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2015-01-13 10:58:32
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23秒，32年

新虫 (初入文坛)
请问楼主后来是怎么解决的，卡在这里好久了，如果去掉对称性再自动加氢，好像生成的不是笼形结构
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7楼2016-10-26 15:10:28
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23秒，32年

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by georgexuz at 2015-01-13 10:48:37
多谢回答，如果氢原子的位置自动生成，文献中已经给了氢原子位置，生成的结构虽然氢原子数目对了，但也不太一样啊？...

请问楼主后来是怎么解决的，卡在这里好久了，如果去掉对称性再自动加氢，好像生成的不是笼形结构
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8楼2016-10-26 15:11:35
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hejupeng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 23秒，32年 at 2016-10-26 15:11:35
请问楼主后来是怎么解决的，卡在这里好久了，如果去掉对称性再自动加氢，好像生成的不是笼形结构...

我也想问一下，我的从晶体库导入到MS中，氢原子没有，想问一下

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9楼2016-10-27 10:36:02
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爱在离别时hy

新虫 (初入文坛)
请问下您是么建边界框子？

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10楼2017-02-28 14:13:59
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