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wjf924

铜虫 (正式写手)

[交流] 求助CIF文件A类错误!

我的CIF文件不加氢键没有A类错误,但是一加氢键就有错误,还很多,(氢键也很多,14个氢键),错误是下面的这样子的,错误都差不多,我找了几个人都没有修改过来,所以请这里的高手来把把脉,谢谢了先!在投稿时CIF文件里面必须要加氢键吗?
706_ALERT_1_A H...A  Calc  21.07(6), Rep   2.30(6), Dev..   312.83 Sigma
       H2# -O5   1.555  4.655
707_ALERT_1_A D...A  Calc 29.316(10), Rep  3.103(7), Dev..  2621.30 Sigma
       N1  -O2#   1.555  3.466
......
ALERT_706 Type_1 CIF Construction/Syntax Error, Inconsistent or Missing Data.
================================================================================

Hydrogen-Bond H..A listed in the CIF is checked. Alerts are set at 1,2 and
3 sigma deviation levels.

This ALERT is generally related to incorrect symmetry codes. The symmetry
number s in the symmetry code s_pqr should correspond to the expression
for s in the CIF. Those expressions can be different for different
software packages. E.g. pasting H-bond table data generated with PLATON
into a CIF generated with SHELXL may raise this ALERT. Manual correction
of the symmetry code should be trivial.
.....

[ Last edited by wjf924 on 2008-5-31 at 14:43 ]
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biyanfeng

铜虫 (著名写手)

你把氢原子删除了重新加就行了
如果是傅立叶加氢,加前先grow--fuse一下就行
理论加一般没有问题。
完了多检查一下就行了
5楼2008-06-01 17:28:27
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gujm516

金虫 (小有名气)

1. 在投稿时所有的原子都要找全包括氢原子,否则化合物的电荷是不平的。
2. 前面二个问题按checking提示是H原子与O原子不在同一个分子套内,如:
          H2# -O5   1.555  4.655
    H2#在第一套等效点系而O5在第四套等效点系且x方向还要加1;
          N1  -O2#   1.555  3.466
    N1在第一套等效点系而O2#在第三套等效点系且X-1,Y+1,Z+1
解决的办法是用push或move命令将原子移动到同一个分子套内。注意,用差值确定的H原子在修正前可用AFIX 93加以约束。其余十二个估计也是同样问题。
3. 最后一个问题是CIF的格式不对,请仔细检查。
2楼2008-05-31 17:02:46
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wjf924

铜虫 (正式写手)

有没有人帮我改正一下,我给你们发过去,我确实搞不定啊!
4楼2008-06-01 15:26:17
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li_junxia6281

木虫 (著名写手)

发过来我看看行不?

发过来我看看行不?
6楼2008-06-18 17:09:47
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