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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 wjf924 的 10 个金币

wjf924

铜虫 (正式写手)

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金币: 1570
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红花: 1
帖子: 358
在线: 41.8小时
虫号: 531651
注册: 2008-03-23
性别: MM
专业: 有机合成

[交流] 求助CIF文件A类错误！

我的CIF文件不加氢键没有A类错误，但是一加氢键就有错误，还很多，（氢键也很多，14个氢键），错误是下面的这样子的，错误都差不多，我找了几个人都没有修改过来，所以请这里的高手来把把脉，谢谢了先！在投稿时CIF文件里面必须要加氢键吗？
706_ALERT_1_A H...A　 Calc　　21.07(6), Rep　　 2.30(6), Dev..　　 312.83 Sigma
　　　　　　　H2#　-O5　　　1.555　 4.655
707_ALERT_1_A D...A　 Calc　29.316(10), Rep　　3.103(7), Dev..　　2621.30 Sigma
　　　　　　　N1　 -O2#　　 1.555　 3.466
......
ALERT_706 Type_1 CIF Construction/Syntax Error, Inconsistent or Missing Data.
================================================================================

Hydrogen-Bond H..A listed in the CIF is checked. Alerts are set at 1,2 and
3 sigma deviation levels.

This ALERT is generally related to incorrect symmetry codes. The symmetry
number s in the symmetry code s_pqr should correspond to the expression
for s in the CIF. Those expressions can be different for different
software packages. E.g. pasting H-bond table data generated with PLATON
into a CIF generated with SHELXL may raise this ALERT. Manual correction
of the symmetry code should be trivial.
.....

[ Last edited by wjf924 on 2008-5-31 at 14:43 ]

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1楼 2008-05-31 14:36:40

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gujm516

金虫 (小有名气)

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帖子: 226
在线: 1.8小时
虫号: 462549
注册: 2007-11-19

1. 在投稿时所有的原子都要找全包括氢原子，否则化合物的电荷是不平的。
2. 前面二个问题按checking提示是H原子与O原子不在同一个分子套内，如：
H2#　-O5　　　1.555　 4.655
H2#在第一套等效点系而O5在第四套等效点系且x方向还要加1；
N1　 -O2#　　 1.555　 3.466
N1在第一套等效点系而O2#在第三套等效点系且X-1,Y+1,Z+1
解决的办法是用push或move命令将原子移动到同一个分子套内。注意，用差值确定的H原子在修正前可用AFIX 93加以约束。其余十二个估计也是同样问题。
3. 最后一个问题是CIF的格式不对，请仔细检查。