24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 639  |  回复: 5
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 wjf924 的 10 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wjf924

铜虫 (正式写手)

[交流] 求助CIF文件A类错误!

我的CIF文件不加氢键没有A类错误,但是一加氢键就有错误,还很多,(氢键也很多,14个氢键),错误是下面的这样子的,错误都差不多,我找了几个人都没有修改过来,所以请这里的高手来把把脉,谢谢了先!在投稿时CIF文件里面必须要加氢键吗?
706_ALERT_1_A H...A  Calc  21.07(6), Rep   2.30(6), Dev..   312.83 Sigma
       H2# -O5   1.555  4.655
707_ALERT_1_A D...A  Calc 29.316(10), Rep  3.103(7), Dev..  2621.30 Sigma
       N1  -O2#   1.555  3.466
......
ALERT_706 Type_1 CIF Construction/Syntax Error, Inconsistent or Missing Data.
================================================================================

Hydrogen-Bond H..A listed in the CIF is checked. Alerts are set at 1,2 and
3 sigma deviation levels.

This ALERT is generally related to incorrect symmetry codes. The symmetry
number s in the symmetry code s_pqr should correspond to the expression
for s in the CIF. Those expressions can be different for different
software packages. E.g. pasting H-bond table data generated with PLATON
into a CIF generated with SHELXL may raise this ALERT. Manual correction
of the symmetry code should be trivial.
.....

[ Last edited by wjf924 on 2008-5-31 at 14:43 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjf924

铜虫 (正式写手)

有没有人帮我改正一下,我给你们发过去,我确实搞不定啊!
4楼2008-06-01 15:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

gujm516

金虫 (小有名气)

1. 在投稿时所有的原子都要找全包括氢原子,否则化合物的电荷是不平的。
2. 前面二个问题按checking提示是H原子与O原子不在同一个分子套内,如:
          H2# -O5   1.555  4.655
    H2#在第一套等效点系而O5在第四套等效点系且x方向还要加1;
          N1  -O2#   1.555  3.466
    N1在第一套等效点系而O2#在第三套等效点系且X-1,Y+1,Z+1
解决的办法是用push或move命令将原子移动到同一个分子套内。注意,用差值确定的H原子在修正前可用AFIX 93加以约束。其余十二个估计也是同样问题。
3. 最后一个问题是CIF的格式不对,请仔细检查。
2楼2008-05-31 17:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biyanfeng

铜虫 (著名写手)

你把氢原子删除了重新加就行了
如果是傅立叶加氢,加前先grow--fuse一下就行
理论加一般没有问题。
完了多检查一下就行了
5楼2008-06-01 17:28:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_junxia6281

木虫 (著名写手)

发过来我看看行不?

发过来我看看行不?
6楼2008-06-18 17:09:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +6 bradoner 2026-04-08 7/350 2026-04-09 10:20 by wp06
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
[考研] 材料化工总分334求调剂 +11 Riot2025 2026-04-08 11/550 2026-04-09 09:44 by gong120082
[考研] 材料334求调剂 +21 Eecho# 2026-04-03 21/1050 2026-04-08 22:55 by 猪会飞
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
[考研] 285求调剂 +20 哦呦呼o 2026-04-04 20/1000 2026-04-08 22:23 by yutian743
[考研] 296求调剂 +3 汪!?! 2026-04-08 3/150 2026-04-08 21:46 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +12 王王白石 2026-04-06 13/650 2026-04-08 16:05 by luoyongfeng
[考研] 283求调剂 +19 A child 2026-04-04 19/950 2026-04-08 14:26 by xingguangj
[考研] 266求调剂 +18 阳阳哇塞 2026-04-07 18/900 2026-04-08 12:59 by grayjzr
[考研] 275 求调剂 +8 Lei812514 2026-04-07 8/400 2026-04-08 12:46 by chemisry
[考研] 求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分 +15 多多爱吃汉堡 2026-04-04 16/800 2026-04-08 11:39 by i_cooler
[考研] 调剂 +18 不逢春 2026-04-05 19/950 2026-04-07 22:04 by lijunpoly
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 295求调剂 +18 xndjjj 2026-04-04 19/950 2026-04-07 11:02 by wangjy2002
[论文投稿] Decision: Revise for Editor还会送审吗 100+3 CccccccccFD 2026-04-04 5/250 2026-04-07 10:58 by 北京莱茵润色
[考研] 求调剂 +11 xzghyuj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 11:49 by lijunpoly
[考研] 材料专业383求调剂 +8 郭阳阳阳成 2026-04-03 8/400 2026-04-04 10:29 by Rednal.
[考研] 材料295 +13 小英11 2026-04-03 14/700 2026-04-04 09:02 by 来看流星雨10
[考研] 调剂 +5 asdasdassda 2026-04-03 6/300 2026-04-03 20:27 by 岸上的一条鱼
信息提示
请填处理意见