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guoxinw

铜虫 (小有名气)

[求助] Gromacs 做教程1 水中溶菌酶时,npt压力不是1个大气压。 已有2人参与

先做了em,又做了nvt(平均温度是299k,与300k接近),在做到NPT的时候,用gmx_mpi energy -f npt.edr -o pressure.xvg  发现得到的平均压力不是设定的1个大气压,每次做的结果都不一样,有时是正的,有时是负的,不定。所有的输入文件和.mdp都是教程上的,没有做过改动,用的版本是5.0.2。希望做过的大侠们能指点一下小弟。http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... yme/01_pdb2gmx.html这是教程的链接。
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

压力波动大 收敛慢 正常 只要均值在设定范围附近即可。教程编写justin本人说职业生涯只见过一次均值是设定值…
波动图用xmgrace描出 看波动曲线就可以了…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-01-20 15:11:53
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你在输入完 gmx_mpi energy -f npt.edr -o pressure.xvg 命令之后,最后会有显示平均大气压 的,你看的结果是这个吗??
2楼2015-01-20 08:54:51
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