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如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树？ 已有3人参与
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我获取了几条病毒的CP基因序列，希望通过遗传进化树分析下各分离物的遗传关系。但是在构建进化树的过程中有很多细节还不知该如何选择，所以想请教一下大家！！！ 首先，我在建树的时候，看网络推荐应该选择N-J邻近法，然后在参数选择的时候该怎么选择呢？ 1、在bootstrap 参数选择的时候，默认值是1000，有的方法中推荐为100，这个数值该如何选择呢？ 2、在model/method选择时，我看不同的网络推荐中也不尽相同，有jukes-cantor，有kimura 2-parameter，有maximum coposite likelihood，这个到底该选哪个呢？ 3、在gaps/missing date treatment中也有三个选项，具体该如何选择呢？ 4、我建好树之后，有的bootstrap特别低，网络上说大于70这个分支才是可靠的，数值小可能是树的拓扑结构不对，不过我的序列都用DNAMAN进行过序列比对，同源性都达到95%之上，但做出树就是这个样子的，请问是这中树是否正确呢？ 5、请问树的左下角的标尺代表的具体意义是什么呢？ 谢谢大家了，恳请大家能帮我排疑解惑~  1.png  3.png  4.png  2.png |
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【答案】应助回帖
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shan-sa(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2015-01-24 20:47:53
shan-sa(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2015-01-24 20:47:53
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1、在bootstrap 参数选择的时候，这个值越高，验证的次数越多，就越精确。 2、在model/method选择时，病毒的，我选择的是kimura 2-parameter，这个一般都是根据文献上找的，文献上都有。 3、在gaps/missing date treatment中也有三个选项，mega5一般选择pairwise,而mega6选择的是comeplete deletion 4、第四个问题不会。不过，我的病毒变异较大，做出来的也是正确 5、标尺长度，距离越长，相似度越低吧 |
3楼2015-01-12 17:27:42
2楼2014-12-30 09:30:04
4楼2015-01-24 15:07:27
5楼2015-01-24 21:13:17
