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shan-sa

金虫 (正式写手)

[求助] 如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树？ 已有3人参与

我获取了几条病毒的CP基因序列，希望通过遗传进化树分析下各分离物的遗传关系。但是在构建进化树的过程中有很多细节还不知该如何选择，所以想请教一下大家！！！
首先，我在建树的时候，看网络推荐应该选择N-J邻近法，然后在参数选择的时候该怎么选择呢？
1、在bootstrap 参数选择的时候，默认值是1000，有的方法中推荐为100，这个数值该如何选择呢？

2、在model/method选择时，我看不同的网络推荐中也不尽相同，有jukes-cantor，有kimura 2-parameter，有maximum coposite likelihood，这个到底该选哪个呢？
3、在gaps/missing date treatment中也有三个选项，具体该如何选择呢？
4、我建好树之后，有的bootstrap特别低，网络上说大于70这个分支才是可靠的，数值小可能是树的拓扑结构不对，不过我的序列都用DNAMAN进行过序列比对，同源性都达到95%之上，但做出树就是这个样子的，请问是这中树是否正确呢？
5、请问树的左下角的标尺代表的具体意义是什么呢？
谢谢大家了，恳请大家能帮我排疑解惑~

如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树？
1.png


如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树？-1
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如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树？-2
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如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树？-3
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1楼 2014-12-29 19:51:08
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shan-sa

金虫 (正式写手)
自己先帮自己顶顶贴，等着大家的帮助啊~
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2楼2014-12-30 09:30:04
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dai1103

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
shan-sa(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2015-01-24 20:47:53
1、在bootstrap 参数选择的时候，这个值越高，验证的次数越多，就越精确。
2、在model/method选择时，病毒的，我选择的是kimura 2-parameter，这个一般都是根据文献上找的，文献上都有。
3、在gaps/missing date treatment中也有三个选项，mega5一般选择pairwise,而mega6选择的是comeplete deletion
4、第四个问题不会。不过，我的病毒变异较大，做出来的也是正确
5、标尺长度，距离越长，相似度越低吧
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3楼2015-01-12 17:27:42
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万木有灵

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

4.你的bootstrap值有点低
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4楼2015-01-24 15:07:27
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shan-sa

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 万木有灵 at 2015-01-24 15:07:27
4.你的bootstrap值有点低

感谢您的回复，这样是不是不能用啊？
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5楼2015-01-24 21:13:17
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你可以三种选择做出三张图，你看看结果是否一致
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6楼2015-01-25 09:50:27
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园园3446

铁虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dai1103 at 2015-01-12 17:27:42
1、在bootstrap 参数选择的时候，这个值越高，验证的次数越多，就越精确。
2、在model/method选择时，病毒的，我选择的是kimura 2-parameter，这个一般都是根据文献上找的，文献上都有。
3、在gaps/missing date  ...

我想问下  氨基酸序列model是选择那个呢？
赞一下 回复此楼
孤单是生活的常态。
7楼2015-07-01 10:28:48
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