| 查看: 1442 | 回复: 3 | ||
[求助]
DGGE上样量以及数据分析相关问题 已有2人参与
|
|
最近在用DGGE检测小鼠粪便的微生物种类的变化，8%的变性胶，浓度梯度在35%-55%，利用TAKARA的primeSTAR Max premix来扩增微生物的V3可变区片段，第一次跑不知道上样量多少合适就取了20ul上样，结果85V，跑了17个小时，结果如图： 现在我觉得自己存在问题有一下几点，还请各位经验满满的虫友们给点意见： （1）上样量一直是我纠结的问题，因为跑胶后会针对条带进行分析，所以上样前是否需要对PCR产物进行浓度测定，以此保证每个孔的上样量是一致的。抑或者保证PCR时模板的含量都是一样的，扩增同样的同样的循环数后，取同样量的PCR产物上样就好了？ （2）制胶的问题，第一次跑我没有上浓缩胶，全部都是分离胶。我的板子是16X16的biorad的胶，上样时按照说明把刻度调到14.5，结果发现注射器里的胶全部推入胶板后就没有空间灌浓缩胶，我是不是哪里弄错了。 （3）关于跑胶的时间和电压及电流，我找到了好多protocol，跑胶的电压和时间都不相同，我这次用的是85V，20mA，跑了17个小时还没有跑到底，由于是第一次跑觉得肯定难看就拆了板做了银染走了一下流程。大家能否给我个比较常用的跑胶条件。 （4）分析软件，从bio-rad的官网下了quantity One，但都是basic的，琼脂糖凝胶电泳的图都无法放进去分析，有没有虫友可以介绍一下其他的比较好用的分析软件。 以上几个问题，小女子跪求各位虫友给点建议，万分感激！谢谢各位了！  IMG_0974.JPG |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有277人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有6人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Matlab心得及学习方法（不断更新）
已经有26人回复
- 求助 土壤基因组 PCR 扩增问题
已经有30人回复
2楼2015-03-22 16:59:44
3楼2015-03-22 17:03:06
老脸挂不住
主管区长
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 17.5
- 散金: 396
- 红花: 9
- 帖子: 261
- 在线: 65.6小时
- 虫号: 2101184
- 注册: 2012-11-01
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
4楼2015-03-22 21:47:27
