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fairyjsj银虫 (小有名气)
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DGGE上样量以及数据分析相关问题 已有2人参与
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最近在用DGGE检测小鼠粪便的微生物种类的变化，8%的变性胶，浓度梯度在35%-55%，利用TAKARA的primeSTAR Max premix来扩增微生物的V3可变区片段，第一次跑不知道上样量多少合适就取了20ul上样，结果85V，跑了17个小时，结果如图： 现在我觉得自己存在问题有一下几点，还请各位经验满满的虫友们给点意见： （1）上样量一直是我纠结的问题，因为跑胶后会针对条带进行分析，所以上样前是否需要对PCR产物进行浓度测定，以此保证每个孔的上样量是一致的。抑或者保证PCR时模板的含量都是一样的，扩增同样的同样的循环数后，取同样量的PCR产物上样就好了？ （2）制胶的问题，第一次跑我没有上浓缩胶，全部都是分离胶。我的板子是16X16的biorad的胶，上样时按照说明把刻度调到14.5，结果发现注射器里的胶全部推入胶板后就没有空间灌浓缩胶，我是不是哪里弄错了。 （3）关于跑胶的时间和电压及电流，我找到了好多protocol，跑胶的电压和时间都不相同，我这次用的是85V，20mA，跑了17个小时还没有跑到底，由于是第一次跑觉得肯定难看就拆了板做了银染走了一下流程。大家能否给我个比较常用的跑胶条件。 （4）分析软件，从bio-rad的官网下了quantity One，但都是basic的，琼脂糖凝胶电泳的图都无法放进去分析，有没有虫友可以介绍一下其他的比较好用的分析软件。 以上几个问题，小女子跪求各位虫友给点建议，万分感激！谢谢各位了！  IMG_0974.JPG |
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