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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定
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秋之愚

新虫 (正式写手)
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10楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-14 07:34:17
这时，在gauss输入文件里不用加什么关键字，会将它们作为一个体系综合地进行优化计算。
但是，再加入一个分子，它的取向可能不易安排得基本靠谱。虽然可能优化能得到一个确定的位置取向，此时能量相对较低。但是不 ...

谢谢你的解答，那如果是这样的话，优化时当我仅仅只改变这个氢键键长大小的时候应该是不会改变这个氢键的相对位置的，而体系中的其他键长键角还是可以得到优化的。
那比如说我再加入一个H2O分子，这个H2O对体系的影响就要看其具体位置了，有可能有影响，有可能他的影响口很小，并没有超过这个氢键的势垒，那我还是可以当作这个氢键的相对位置是不变的，不知道我这样理解对不对，因为这篇文章与其他文章的不同之处就是在优化体系的时候固定了氢键的相对位置不变，所以我还是要弄懂这里的，麻烦你了。。。。
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11楼2014-12-15 10:18:21
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秋之愚

新虫 (正式写手)
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10楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-14 07:34:17
这时，在gauss输入文件里不用加什么关键字，会将它们作为一个体系综合地进行优化计算。
但是，再加入一个分子，它的取向可能不易安排得基本靠谱。虽然可能优化能得到一个确定的位置取向，此时能量相对较低。但是不 ...

谢谢你的回答，那根据你的答案我能不能这么理解呢，如果我现在在优化体系的时候仅仅只改变这个氢键的大小，那这时候氢键的相对方向应该是不会发生变化的对吧。
加入我再加一个分子，这时候就要看情况而定了，如果这个分子与之前体系靠的比较近作用比较明显那么这个氢键的相对位置实惠发生变化的，那如果相互作用力比较小，这个氢键在优化时就不会越过这个势垒，那此时我还是可以认为氢键的相对方向不变。不知道我这样说对不对，其实这篇文章与其他文章做法不一样的地方就是作者在优化的时候将体系固定在特定的结构（也就是体系分子间形成氢键的结构），所以我还是想把这个地方给弄清楚了，对了，我还想问一下gauss优化的时候就不能强制把氢键的方向固定的吗？
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12楼2014-12-15 10:29:04
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zhou2009

版主 (著名写手)
gauss优化的时候不能强制把氢键的方向固定，这应该由gauss定。
我说的势垒，不是指氢键优化的过程，这个过程直至优化成为氢键，是自发无势垒的。
我说的势垒，是指氢键体系之外再加一个分子时，这第三分子的取向可能有多种位置，这之间可能有势垒。
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13楼2014-12-15 15:20:47
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秋之愚

新虫 (正式写手)
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13楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-15 15:20:47
gauss优化的时候不能强制把氢键的方向固定，这应该由gauss定。
我说的势垒，不是指氢键优化的过程，这个过程直至优化成为氢键，是自发无势垒的。
我说的势垒，是指氢键体系之外再加一个分子时，这第三分子的取向可 ...

那高斯怎么定啊。。。。
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14楼2014-12-15 15:24:53
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 秋之愚 at 2014-12-15 15:24:53
那高斯怎么定啊。。。。...

高斯会通过优化来定，不要人为干预。
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15楼2014-12-15 15:50:32
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