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秋之愚

新虫 (正式写手)

[求助] gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定 已有2人参与

本人是gauss新手,最近在用gauss优化多分子体系的时候文献上说要固定两个分子的相对方向(relative orientation of the two molecules fixed),想问问各位大神们,比如两个H2O分子,他们的相对方向指的是什么啊,相对方向应该指的不是相对距离吧,还有这在gauss软件的输入文件里该怎么改。。。。。小弟在这先谢谢各位大神了。。。。。。
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快乐学习,学习快乐
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-15 15:20:47
gauss优化的时候不能强制把氢键的方向固定,这应该由gauss定。
我说的势垒,不是指氢键优化的过程,这个过程直至优化成为氢键,是自发无势垒的。
我说的势垒,是指氢键体系之外再加一个分子时,这第三分子的取向可 ...

那高斯怎么定啊。。。。
快乐学习,学习快乐
14楼2014-12-15 15:24:53
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fubest

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把你要固定对应的原子前,改为-1
2楼2014-12-12 22:06:57
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fubest at 2014-12-12 22:06:57
把你要固定对应的原子前,改为-1

这不是把分子的坐标固定了吗?各个分子本身的键长键角也还是要优化的。。。文章原文是这么写的
We first obtain the optimized geometry of
NMA– D2O(A) complex, where the site A is occupied by a
single water molecule. Then, the distance r between the
hydrogen-bonding D atom of the D2O(A) and the oxygen
atom of the NMA is increased, with the relative orientations
of the two molecules fixed。。
快乐学习,学习快乐
3楼2014-12-13 12:48:58
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
秋之愚: 金币+20, 有帮助, 谢谢啊 。。。 2014-12-13 17:35:24
优化时两个分子间的相对取向,比如两个H2O分子,是指二者形成氢键的基本取向,即H2O-1的孤对电子指向H2O-2的HO。这涉及形成氢键的基本格局,键长、键角等,大致符合即可,反正在这个基础上还要优化的。
4楼2014-12-13 15:28:19
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