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秋之愚

新虫 (正式写手)

[求助] gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定 已有2人参与

本人是gauss新手,最近在用gauss优化多分子体系的时候文献上说要固定两个分子的相对方向(relative orientation of the two molecules fixed),想问问各位大神们,比如两个H2O分子,他们的相对方向指的是什么啊,相对方向应该指的不是相对距离吧,还有这在gauss软件的输入文件里该怎么改。。。。。小弟在这先谢谢各位大神了。。。。。。
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fubest

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把你要固定对应的原子前,改为-1
2楼2014-12-12 22:06:57
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fubest at 2014-12-12 22:06:57
把你要固定对应的原子前,改为-1

这不是把分子的坐标固定了吗?各个分子本身的键长键角也还是要优化的。。。文章原文是这么写的
We first obtain the optimized geometry of
NMA– D2O(A) complex, where the site A is occupied by a
single water molecule. Then, the distance r between the
hydrogen-bonding D atom of the D2O(A) and the oxygen
atom of the NMA is increased, with the relative orientations
of the two molecules fixed。。
快乐学习,学习快乐
3楼2014-12-13 12:48:58
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
秋之愚: 金币+20, 有帮助, 谢谢啊 。。。 2014-12-13 17:35:24
优化时两个分子间的相对取向,比如两个H2O分子,是指二者形成氢键的基本取向,即H2O-1的孤对电子指向H2O-2的HO。这涉及形成氢键的基本格局,键长、键角等,大致符合即可,反正在这个基础上还要优化的。
4楼2014-12-13 15:28:19
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-13 15:28:19
优化时两个分子间的相对取向,比如两个H2O分子,是指二者形成氢键的基本取向,即H2O-1的孤对电子指向H2O-2的HO。这涉及形成氢键的基本格局,键长、键角等,大致符合即可,反正在这个基础上还要优化的。

恩 非常感谢,可我还想问一下,在gauss计算的时候怎么保证这个氢键的取向不变呢。。。
快乐学习,学习快乐
5楼2014-12-13 15:54:23
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 秋之愚 at 2014-12-13 15:54:23
恩 非常感谢,可我还想问一下,在gauss计算的时候怎么保证这个氢键的取向不变呢。。。...

不用人为去保证,如果是氢键,计算本身就会保证。人为给出一个初始结构,只是减少优化时的计算量。
6楼2014-12-13 16:48:41
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-13 16:48:41
不用人为去保证,如果是氢键,计算本身就会保证。人为给出一个初始结构,只是减少优化时的计算量。...

大概明白了,可这样也存在一个问题,假如我再加入一个分子,那这个分子的偶极肯定会影响到这两个分子的氢键方向跟大小,那在这种情况下还能保证这两个分子的相对方向不变吗????
快乐学习,学习快乐
7楼2014-12-13 17:35:07
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zhou2009

版主 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 秋之愚 at 2014-12-13 17:35:07
大概明白了,可这样也存在一个问题,假如我再加入一个分子,那这个分子的偶极肯定会影响到这两个分子的氢键方向跟大小,那在这种情况下还能保证这两个分子的相对方向不变吗????...

再加入一个分子,也要初步考虑它可能的取向,反正计算会将它们作为一个体系综合地进行计算,对氢键的影响也会确切地考虑到。
8楼2014-12-13 19:43:28
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-13 19:43:28
再加入一个分子,也要初步考虑它可能的取向,反正计算会将它们作为一个体系综合地进行计算,对氢键的影响也会确切地考虑到。...

那在这种情况下怎么保证两个分子形成的氢键取向不变呢。。。。。在gauss输入文件里加什么关键字啊。。。。
快乐学习,学习快乐
9楼2014-12-13 22:36:41
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zhou2009

版主 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 秋之愚 at 2014-12-13 22:36:41
那在这种情况下怎么保证两个分子形成的氢键取向不变呢。。。。。在gauss输入文件里加什么关键字啊。。。。...

这时,在gauss输入文件里不用加什么关键字,会将它们作为一个体系综合地进行优化计算。
但是,再加入一个分子,它的取向可能不易安排得基本靠谱。虽然可能优化能得到一个确定的位置取向,此时能量相对较低。但是不排除还有能量更低的位置取向部位,但它们之间有势垒,单纯的优化不能翻越过去。这时要做势能面才能确定。

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10楼2014-12-14 07:34:17
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