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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定
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秋之愚

新虫 (正式写手)

[求助] gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定 已有2人参与

本人是gauss新手，最近在用gauss优化多分子体系的时候文献上说要固定两个分子的相对方向（relative orientation of the two molecules fixed），想问问各位大神们，比如两个H2O分子，他们的相对方向指的是什么啊，相对方向应该指的不是相对距离吧，还有这在gauss软件的输入文件里该怎么改。。。。。小弟在这先谢谢各位大神了。。。。。。
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快乐学习，学习快乐
1楼 2014-12-12 16:21:19
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 秋之愚 at 2014-12-13 22:36:41
那在这种情况下怎么保证两个分子形成的氢键取向不变呢。。。。。在gauss输入文件里加什么关键字啊。。。。...

这时，在gauss输入文件里不用加什么关键字，会将它们作为一个体系综合地进行优化计算。
但是，再加入一个分子，它的取向可能不易安排得基本靠谱。虽然可能优化能得到一个确定的位置取向，此时能量相对较低。但是不排除还有能量更低的位置取向部位，但它们之间有势垒，单纯的优化不能翻越过去。这时要做势能面才能确定。
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秋之愚
10楼2014-12-14 07:34:17
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fubest

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你要固定对应的原子前，改为-1
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2楼2014-12-12 22:06:57
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秋之愚

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fubest at 2014-12-12 22:06:57
把你要固定对应的原子前，改为-1

这不是把分子的坐标固定了吗？各个分子本身的键长键角也还是要优化的。。。文章原文是这么写的
We first obtain the optimized geometry of
NMA– D2O(A) complex, where the site A is occupied by a
single water molecule. Then, the distance r between the
hydrogen-bonding D atom of the D2O(A) and the oxygen
atom of the NMA is increased, with the relative orientations
of the two molecules fixed。。
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快乐学习，学习快乐
3楼2014-12-13 12:48:58
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
秋之愚: 金币+20, ★有帮助, 谢谢啊 。。。 2014-12-13 17:35:24
优化时两个分子间的相对取向，比如两个H2O分子，是指二者形成氢键的基本取向，即H2O-1的孤对电子指向H2O-2的HO。这涉及形成氢键的基本格局，键长、键角等，大致符合即可，反正在这个基础上还要优化的。
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4楼2014-12-13 15:28:19
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