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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定
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秋之愚

新虫 (正式写手)

[求助] gauss软件优化时两个分子间的相对取相怎么固定 已有2人参与

本人是gauss新手，最近在用gauss优化多分子体系的时候文献上说要固定两个分子的相对方向（relative orientation of the two molecules fixed），想问问各位大神们，比如两个H2O分子，他们的相对方向指的是什么啊，相对方向应该指的不是相对距离吧，还有这在gauss软件的输入文件里该怎么改。。。。。小弟在这先谢谢各位大神了。。。。。。
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快乐学习，学习快乐
1楼 2014-12-12 16:21:19
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秋之愚

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-12-14 07:34:17
这时，在gauss输入文件里不用加什么关键字，会将它们作为一个体系综合地进行优化计算。
但是，再加入一个分子，它的取向可能不易安排得基本靠谱。虽然可能优化能得到一个确定的位置取向，此时能量相对较低。但是不 ...

谢谢你的解答，那如果是这样的话，优化时当我仅仅只改变这个氢键键长大小的时候应该是不会改变这个氢键的相对位置的，而体系中的其他键长键角还是可以得到优化的。
那比如说我再加入一个H2O分子，这个H2O对体系的影响就要看其具体位置了，有可能有影响，有可能他的影响口很小，并没有超过这个氢键的势垒，那我还是可以当作这个氢键的相对位置是不变的，不知道我这样理解对不对，因为这篇文章与其他文章的不同之处就是在优化体系的时候固定了氢键的相对位置不变，所以我还是要弄懂这里的，麻烦你了。。。。
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快乐学习，学习快乐
11楼2014-12-15 10:18:21
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fubest

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你要固定对应的原子前，改为-1
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2楼2014-12-12 22:06:57
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秋之愚

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fubest at 2014-12-12 22:06:57
把你要固定对应的原子前，改为-1

这不是把分子的坐标固定了吗？各个分子本身的键长键角也还是要优化的。。。文章原文是这么写的
We first obtain the optimized geometry of
NMA– D2O(A) complex, where the site A is occupied by a
single water molecule. Then, the distance r between the
hydrogen-bonding D atom of the D2O(A) and the oxygen
atom of the NMA is increased, with the relative orientations
of the two molecules fixed。。
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快乐学习，学习快乐
3楼2014-12-13 12:48:58
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
秋之愚: 金币+20, ★有帮助, 谢谢啊 。。。 2014-12-13 17:35:24
优化时两个分子间的相对取向，比如两个H2O分子，是指二者形成氢键的基本取向，即H2O-1的孤对电子指向H2O-2的HO。这涉及形成氢键的基本格局，键长、键角等，大致符合即可，反正在这个基础上还要优化的。
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4楼2014-12-13 15:28:19
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