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beefly

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地沟油冶炼专家

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[交流] Gaussian用冗余内坐标优化大分子结构时的问题已有7人参与

出错信息：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
Eigenvalue  1920 is 9.98D-07 should be greater than    0.000001 Eigenvector:
                     A602    A605    A526    A529    A590
1                -0.23218 0.21568  -0.17301 0.17222  -0.16746
                     A684    A687    D849    A603    D896
1                   0.13759  -0.13443  -0.13232 0.11672 0.11547
NTrRot= -1 NTRed=  3567 NAtoms= 642 NSkip=  1647 IsLin=F
Error in internal coordinate system.

问题分析：
Gaussian默认使用冗余内坐标做结构优化，计算中检查使用的冗余坐标能否构成3N-L（L=6或5）个独立内坐标空间，也就是检查Wilson G矩阵是否有3N-L个非零特征值。由于产生冗余内坐标的算法本身存在缺陷，随着分子尺寸不断增加（通常几百个原子以上），有些重要的弱化学键（如氢键）会被丢掉，导致G矩阵的非零特征值个数小于3N-L，就会遇到上面的出错信息。在Gaussian09.d中，由于重新定义了冗余内坐标中的成键参数，丢失的弱键可能更多，因此程序报错的机会就更多一些。

解决方法：

1，自己写个小程序，给定原子类型后，找出键长在一定范围的所有的弱键。如果不包含在Gaussian产生的冗余内坐标中，就把它用opt=ModRedundant加到输入文件里。

2，更好的办法是改用直角坐标做优化，不仅不会遇到上述问题，还可以避免耗时的G矩阵对角化过程。

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