应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian用冗余内坐标优化大分子结构时的问题
101/1返回列表
查看: 2986  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

[交流] Gaussian用冗余内坐标优化大分子结构时的问题已有7人参与

出错信息：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
Eigenvalue  1920 is   9.98D-07 should be greater than     0.000001 Eigenvector:
                         A602      A605      A526      A529      A590
   1                   -0.23218   0.21568  -0.17301   0.17222  -0.16746
                         A684      A687      D849      A603      D896
   1                    0.13759  -0.13443  -0.13232   0.11672   0.11547
NTrRot=    -1 NTRed=  3567 NAtoms=   642 NSkip=  1647 IsLin=F
Error in internal coordinate system.

问题分析：
Gaussian默认使用冗余内坐标做结构优化，计算中检查使用的冗余坐标能否构成3N-L（L=6或5）个独立内坐标空间，也就是检查Wilson G矩阵是否有3N-L个非零特征值。由于产生冗余内坐标的算法本身存在缺陷，随着分子尺寸不断增加（通常几百个原子以上），有些重要的弱化学键（如氢键）会被丢掉，导致G矩阵的非零特征值个数小于3N-L，就会遇到上面的出错信息。在Gaussian09.d中，由于重新定义了冗余内坐标中的成键参数，丢失的弱键可能更多，因此程序报错的机会就更多一些。

解决方法：

1，自己写个小程序，给定原子类型后，找出键长在一定范围的所有的弱键。如果不包含在Gaussian产生的冗余内坐标中，就把它用opt=ModRedundant加到输入文件里。

2，更好的办法是改用直角坐标做优化，不仅不会遇到上述问题，还可以避免耗时的G矩阵对角化过程。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我学习计算的一些帖子 高斯细节 经验 Gaussian

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

枪下游魂 smutao

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
1楼2014-11-19 01:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
大神的帖子顶一顶~
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-19 06:51:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
说的很好。我通常是用opt=cartesian解决这个问题的，不过感觉直角坐标优化没有默认的冗余内坐标优化效率高，虽然省去了G矩阵对角化但往往需要更多个点才能收敛。下次试试你说的第一个方法。
赞一下 回复此楼
理论与计算化学，化学物理，生物物理
3楼2014-11-19 07:16:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gauss98

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
4楼2014-11-19 08:15:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abdoman

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
感谢分享！
话说内坐标的优势在哪？优化吗？
赞一下 回复此楼
Youcompleteme.
5楼2014-11-19 15:41:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
引用回帖:
5楼: Originally posted by abdoman at 2014-11-19 15:41:01
感谢分享！
话说内坐标的优势在哪？优化吗？

冗余坐标用来判断下一步结构有优势，通过考虑更多坐标变量的梯度对分子结构的影响，可以降低某些结构参数的改变过度或者不足造成的问题
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
6楼2014-11-20 01:23:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

计算化学新人

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问，我一直不太懂，什么叫用直角坐标来优化（我知道什么叫直角坐标），但是具体是怎么操作的？
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-08 09:14:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
8楼2016-02-02 12:30:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyyao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想知道第二个解决办法具体要怎么操作啊？麻烦了
赞一下 回复此楼
9楼2017-09-29 11:41:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
引用回帖:
9楼: Originally posted by wyyao at 2017-09-29 11:41:06
我想知道第二个解决办法具体要怎么操作啊？麻烦了

opt(cartesian)

但是gaussian的oniom方法绑定了冗余内坐标，所以一旦出现上面的错误，只能用第一种解决方法
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
10楼2017-09-29 12:30:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 beefly 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭