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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助解释---基因表达相关---悬赏200金。。。
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wang_shuang

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1楼 2014-11-15 16:22:06
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-16 19:00:55
你方便调几组原始数据出来看一下吗？每组数据都列几条:一是原文作者确定有差异但是用你说的方法确无差异的，二是用原文作者确定无差异的，三最好是有原文作者和你的方法都有差异的。

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wang_shuang
6楼2014-11-15 22:42:58
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wang_shuang(myprayer代发): 金币+5, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-16 19:00:37
没有上下文，仅凭这两句话解释起来有些难度，就说说我自己的理解吧，希望有帮助。
作者应该是做了120份表达谱，并且是通过高通量测序技术做的，测得了很多probe。第一句话的意思是如何判定测得的probe是有效的，作者认为测得的probe数值大于所有probe的25%分位值则为有效。第二句话应该说如何判定哪些probe是有差异的，比如那120组表达谱里，某个probe在大部分组里表达都是100，但在某些组里表达是250，那这些组里和其他组的差异就大于2倍，就可以认为有足够明显的差异。

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2楼2014-11-15 20:49:29
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wang_shuang

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3楼2014-11-15 20:53:04
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-16 19:00:46
你试一下这样:某个特定的probe的120组表达谱数据求平均值，然后某个数值和平均值相除，结果大于2或小于0.5则认为这个值有差异。

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4楼2014-11-15 21:09:24
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wang_shuang

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5楼2014-11-15 21:33:09
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wang_shuang

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7楼2014-11-15 23:11:35
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wang_shuang

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8楼2014-11-16 15:28:53
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yangyufeng88

木虫 (正式写手)
显然是个专利的内容，看得懂也未必重复得出来哦
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要适应生活，才能改变生活！
9楼2014-11-16 22:11:48
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
wang_shuang: 金币+100, ★★★很有帮助, 我按你说的做，结果和你一样。但是最后提出来的还是和文中不一样。不过确实把维度降下去了哈。 2014-11-18 11:50:03
我不会用R，就用perl大概处理了一下那些数据，找到符合条件的probe是18985个，作者说是18976，我的还多一点点，可能是25%分位值取得不对。
我推测作者提供的RMA数据是log过的，所有的值都是取2的对数，所以算差异的时候要用最大值减去最小值，相差1（或-1）以上则认为是符合条件。
处理数据方面你比我在行很多，你尝试着按log值算算看。
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wang_shuang
10楼2014-11-17 17:45:45
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