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wang_shuang

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liuderong

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-16 19:00:55
你方便调几组原始数据出来看一下吗?每组数据都列几条:一是原文作者确定有差异但是用你说的方法确无差异的,二是用原文作者确定无差异的,三最好是有原文作者和你的方法都有差异的。

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6楼2014-11-15 22:42:58
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

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wang_shuang(myprayer代发): 金币+5, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-16 19:00:37
没有上下文,仅凭这两句话解释起来有些难度,就说说我自己的理解吧,希望有帮助。
作者应该是做了120份表达谱,并且是通过高通量测序技术做的,测得了很多probe。第一句话的意思是如何判定测得的probe是有效的,作者认为测得的probe数值大于所有probe的25%分位值则为有效。第二句话应该说如何判定哪些probe是有差异的,比如那120组表达谱里,某个probe在大部分组里表达都是100,但在某些组里表达是250,那这些组里和其他组的差异就大于2倍,就可以认为有足够明显的差异。

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2楼2014-11-15 20:49:29
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wang_shuang

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3楼2014-11-15 20:53:04
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liuderong

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-16 19:00:46
你试一下这样:某个特定的probe的120组表达谱数据求平均值,然后某个数值和平均值相除,结果大于2或小于0.5则认为这个值有差异。

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4楼2014-11-15 21:09:24
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wang_shuang

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5楼2014-11-15 21:33:09
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wang_shuang

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7楼2014-11-15 23:11:35
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wang_shuang

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8楼2014-11-16 15:28:53
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yangyufeng88

木虫 (正式写手)

显然是个专利的内容,看得懂也未必重复得出来哦
要适应生活,才能改变生活!
9楼2014-11-16 22:11:48
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

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wang_shuang: 金币+100, ★★★很有帮助, 我按你说的做,结果和你一样。但是最后提出来的还是和文中不一样。不过确实把维度降下去了哈。 2014-11-18 11:50:03
我不会用R,就用perl大概处理了一下那些数据,找到符合条件的probe是18985个,作者说是18976,我的还多一点点,可能是25%分位值取得不对。
我推测作者提供的RMA数据是log过的,所有的值都是取2的对数,所以算差异的时候要用最大值减去最小值,相差1(或-1)以上则认为是符合条件。
处理数据方面你比我在行很多,你尝试着按log值算算看。

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10楼2014-11-17 17:45:45
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