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gaupay

至尊木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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19楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-13 15:24:39
你好!关于界面模拟我有个问题想请教你呐,我想做液体分子在膜表面的优先吸附现象,用不用将膜上的原子固定住。我看到有文章里面是把代表高分子膜链段的原子全部固定住的!...

我是做高分子液体在固体表面的,我看的文献都是把底部固体的所有原子全固定的,所以我都把它们固定住了。

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Godblessgoodman
21楼2014-11-13 15:33:58
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-12 19:24:39
你好!关于界面模拟我有个问题想请教你呐,我想做液体分子在膜表面的优先吸附现象,用不用将膜上的原子固定住。我看到有文章里面是把代表高分子膜链段的原子全部固定住的!...

高分子体系构型很复杂,有时候想研究的构型并不是最稳定的构型,为了保证这个构型不随着模拟的过程而漂移,固定一部分原子来保持构型是常用的手段。不过写文章的时候最好说一下你选取的构型是具有代表性的。
22楼2014-11-13 15:37:10
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gaupay

至尊木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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18楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-13 15:21:56
不断降低模型温度,至玻璃化温度以下,在每个温度下做NPT,并记录密度达到平衡时相应的平均密度值,通过1/密度--温度曲线,找到转折点,这个转折点就是玻璃化温度。你也可以搜文章,有好多篇关于玻璃化温度的文章的 ...

暑假我做了点,用的velocity-scale控温,berendsen控压,1ns。得到的密度有波动,不知道该怎么取得到的密度。

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Godblessgoodman
23楼2014-11-13 15:39:56
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

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20楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-13 15:33:21
我也好奇地问一下,玻璃化温度和降温速率有关,那你在降温过程中需要控制降温速率恒定吗?...

你好,我是这样做的,比如初始模型建立是温度是常温298K,跑一定时间NVT后,记录平衡时密度,然后以上述动力学之后的最后一帧结构作为初始模型,温度改为273K再跑一定时间的NPT动力学,记录平衡时的密度值。。。。。。像这样,不断降低温度至玻璃化温度以下,就会得到1/密度--温度曲线。
在改变温度的时候,距离玻璃化温度较远的点,可以温度间隔大一点,接近时将间隔调小一点
24楼2014-11-13 15:46:09
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
22楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-13 15:37:10
高分子体系构型很复杂,有时候想研究的构型并不是最稳定的构型,为了保证这个构型不随着模拟的过程而漂移,固定一部分原子来保持构型是常用的手段。不过写文章的时候最好说一下你选取的构型是具有代表性的。...

我做的时候如果固定高分子的所有原子的话,动力学就无法进行了。但是不固定的话,动力学之后就会发现,高分子体系会移动位置,
25楼2014-11-13 15:49:07
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
敏sunflower: 金币+2 2014-11-14 10:51:30
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25楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-12 19:49:07
我做的时候如果固定高分子的所有原子的话,动力学就无法进行了。但是不固定的话,动力学之后就会发现,高分子体系会移动位置,...

你可以试试固定一部分原子么?比如说只固定backbone。
26楼2014-11-14 08:13:49
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)

帮顶一下,不懂 ~~~~~~~~~~~~~
自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
27楼2014-11-14 08:44:31
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邴绍所

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
真心的祝福你,
真心的祝福你。
28楼2014-11-14 08:51:17
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29楼2014-11-14 09:17:21
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
26楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-14 08:13:49
你可以试试固定一部分原子么?比如说只固定backbone。...

非常感谢,我试一试
30楼2014-11-14 10:51:55
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