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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数值模拟与实验相差很大
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gaupay

至尊木虫 (正式写手)
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19楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-13 15:24:39
你好！关于界面模拟我有个问题想请教你呐，我想做液体分子在膜表面的优先吸附现象，用不用将膜上的原子固定住。我看到有文章里面是把代表高分子膜链段的原子全部固定住的！...

我是做高分子液体在固体表面的，我看的文献都是把底部固体的所有原子全固定的，所以我都把它们固定住了。

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Godblessgoodman
21楼2014-11-13 15:33:58
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
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19楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-12 19:24:39
你好！关于界面模拟我有个问题想请教你呐，我想做液体分子在膜表面的优先吸附现象，用不用将膜上的原子固定住。我看到有文章里面是把代表高分子膜链段的原子全部固定住的！...

高分子体系构型很复杂，有时候想研究的构型并不是最稳定的构型，为了保证这个构型不随着模拟的过程而漂移，固定一部分原子来保持构型是常用的手段。不过写文章的时候最好说一下你选取的构型是具有代表性的。
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22楼2014-11-13 15:37:10
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gaupay

至尊木虫 (正式写手)
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18楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-13 15:21:56
不断降低模型温度，至玻璃化温度以下，在每个温度下做NPT,并记录密度达到平衡时相应的平均密度值，通过1/密度--温度曲线，找到转折点，这个转折点就是玻璃化温度。你也可以搜文章，有好多篇关于玻璃化温度的文章的 ...

暑假我做了点，用的velocity-scale控温，berendsen控压，1ns。得到的密度有波动，不知道该怎么取得到的密度。

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Godblessgoodman
23楼2014-11-13 15:39:56
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
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20楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-13 15:33:21
我也好奇地问一下，玻璃化温度和降温速率有关，那你在降温过程中需要控制降温速率恒定吗？...

你好，我是这样做的，比如初始模型建立是温度是常温298K,跑一定时间NVT后，记录平衡时密度，然后以上述动力学之后的最后一帧结构作为初始模型，温度改为273K再跑一定时间的NPT动力学，记录平衡时的密度值。。。。。。像这样，不断降低温度至玻璃化温度以下，就会得到1/密度--温度曲线。
在改变温度的时候，距离玻璃化温度较远的点，可以温度间隔大一点，接近时将间隔调小一点
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24楼2014-11-13 15:46:09
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
22楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-13 15:37:10
高分子体系构型很复杂，有时候想研究的构型并不是最稳定的构型，为了保证这个构型不随着模拟的过程而漂移，固定一部分原子来保持构型是常用的手段。不过写文章的时候最好说一下你选取的构型是具有代表性的。...

我做的时候如果固定高分子的所有原子的话，动力学就无法进行了。但是不固定的话，动力学之后就会发现，高分子体系会移动位置，
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25楼2014-11-13 15:49:07
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
敏sunflower: 金币+2 2014-11-14 10:51:30
引用回帖:
25楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-12 19:49:07
我做的时候如果固定高分子的所有原子的话，动力学就无法进行了。但是不固定的话，动力学之后就会发现，高分子体系会移动位置，...

你可以试试固定一部分原子么？比如说只固定backbone。
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26楼2014-11-14 08:13:49
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
帮顶一下，不懂 ~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
27楼2014-11-14 08:44:31
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邴绍所

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
真心的祝福你，
真心的祝福你。
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28楼2014-11-14 08:51:17
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baoshengda
29楼2014-11-14 09:17:21
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
26楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-14 08:13:49
你可以试试固定一部分原子么？比如说只固定backbone。...

非常感谢，我试一试
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30楼2014-11-14 10:51:55
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