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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[交流] 扩散系数值模拟与实验相差很大

急需各位大侠的帮助!
小妹涉足分子模拟时间不长,课题组也没有人懂分子模拟,大导催着发文章,但现在遇到了问题,希望能够得到各位大侠的帮助!!!!
我遇到的问题是:通过进行分子动力学得到的分子扩散系数与实验值相比,相差20-40倍,二者数量级分别是10^(-10)、10^(-12),单位m2/s。
对于模拟的结果,我通过延长动力学时间反复验证,多次计算的数值相差不大。至于实验结果,虽然有误差,但是不至于将扩散系数的数量级由10^(-12)提高到10^(-11)。
针对上面的问题,有人说可能是立场参数设置的不合适,但是我用的MS软件好像无法修改立场参数!

1. 请教各位大侠,对于这个问题有什么解决办法吗?
2. 如果我想拿现在的结果发表文章的话,这个问题会不会成为文章的致命伤呐?若是发英文期刊,可能被接收吗?
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by gaupay at 2014-11-13 13:00:40
我是做界面模拟的,我想问下楼主是怎么模拟玻璃化温度的。
...

不断降低模型温度,至玻璃化温度以下,在每个温度下做NPT,并记录密度达到平衡时相应的平均密度值,通过1/密度--温度曲线,找到转折点,这个转折点就是玻璃化温度。你也可以搜文章,有好多篇关于玻璃化温度的文章的!
18楼2014-11-13 15:21:56
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abinitio

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
什么体系?用的什么力场?ms是可以选择不同的力场的
2楼2014-11-11 16:24:10
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-11 16:24:10
什么体系?用的什么力场?ms是可以选择不同的力场的

你好!我模拟的是双组份液体分子在聚合物膜中的扩散过程,选择的力场是CAMPASS,对于立场我已经验证了,只有使用CAMPASS力场建立的模型密度最接近聚合物真实密度,而且通过模拟玻璃化转变温度得到的数值与实验值吻合
3楼2014-11-11 16:35:16
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lusostty

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
系综呢?还有体系达到平衡了么?控温方式呢?
你可以一种一种条件试着修改
4楼2014-11-12 08:12:24
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