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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[交流] 扩散系数值模拟与实验相差很大

急需各位大侠的帮助!
小妹涉足分子模拟时间不长,课题组也没有人懂分子模拟,大导催着发文章,但现在遇到了问题,希望能够得到各位大侠的帮助!!!!
我遇到的问题是:通过进行分子动力学得到的分子扩散系数与实验值相比,相差20-40倍,二者数量级分别是10^(-10)、10^(-12),单位m2/s。
对于模拟的结果,我通过延长动力学时间反复验证,多次计算的数值相差不大。至于实验结果,虽然有误差,但是不至于将扩散系数的数量级由10^(-12)提高到10^(-11)。
针对上面的问题,有人说可能是立场参数设置的不合适,但是我用的MS软件好像无法修改立场参数!

1. 请教各位大侠,对于这个问题有什么解决办法吗?
2. 如果我想拿现在的结果发表文章的话,这个问题会不会成为文章的致命伤呐?若是发英文期刊,可能被接收吗?
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
20楼: Originally posted by lsloneil at 2014-11-13 15:33:21
我也好奇地问一下,玻璃化温度和降温速率有关,那你在降温过程中需要控制降温速率恒定吗?...

你好,我是这样做的,比如初始模型建立是温度是常温298K,跑一定时间NVT后,记录平衡时密度,然后以上述动力学之后的最后一帧结构作为初始模型,温度改为273K再跑一定时间的NPT动力学,记录平衡时的密度值。。。。。。像这样,不断降低温度至玻璃化温度以下,就会得到1/密度--温度曲线。
在改变温度的时候,距离玻璃化温度较远的点,可以温度间隔大一点,接近时将间隔调小一点
24楼2014-11-13 15:46:09
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abinitio

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
什么体系?用的什么力场?ms是可以选择不同的力场的
2楼2014-11-11 16:24:10
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-11 16:24:10
什么体系?用的什么力场?ms是可以选择不同的力场的

你好!我模拟的是双组份液体分子在聚合物膜中的扩散过程,选择的力场是CAMPASS,对于立场我已经验证了,只有使用CAMPASS力场建立的模型密度最接近聚合物真实密度,而且通过模拟玻璃化转变温度得到的数值与实验值吻合
3楼2014-11-11 16:35:16
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lusostty

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
系综呢?还有体系达到平衡了么?控温方式呢?
你可以一种一种条件试着修改
4楼2014-11-12 08:12:24
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sciencejoy

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
同类型文章都要求数值一致吗?
5楼2014-11-12 09:54:47
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-11-12 09:54:47
同类型文章都要求数值一致吗?

同类型文章实验值与模拟值控制在10倍以内
6楼2014-11-12 10:01:21
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mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)

blessing
7楼2014-11-12 10:23:11
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lusostty at 2014-11-12 08:12:24
系综呢?还有体系达到平衡了么?控温方式呢?
你可以一种一种条件试着修改

动力学使用的是NVT系综,1500ps,体系已经达到平衡了
8楼2014-11-12 10:58:09
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mzhyan at 2014-11-12 10:23:11
blessing

Thank you!
9楼2014-11-12 10:59:02
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

各位大侠,有懂这方面的吗?紧急求助啊!!!
10楼2014-11-13 09:40:34
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