| 查看: 1717 | 回复: 40 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
敏sunflower金虫 (小有名气)
|
[交流]
扩散系数值模拟与实验相差很大
|
|||
|
急需各位大侠的帮助！ 小妹涉足分子模拟时间不长，课题组也没有人懂分子模拟，大导催着发文章，但现在遇到了问题，希望能够得到各位大侠的帮助！！！！ 我遇到的问题是:通过进行分子动力学得到的分子扩散系数与实验值相比，相差20-40倍，二者数量级分别是10^（-10）、10^（-12），单位m2/s。 对于模拟的结果，我通过延长动力学时间反复验证，多次计算的数值相差不大。至于实验结果，虽然有误差，但是不至于将扩散系数的数量级由10^（-12）提高到10^（-11）。 针对上面的问题，有人说可能是立场参数设置的不合适，但是我用的MS软件好像无法修改立场参数！ 1. 请教各位大侠，对于这个问题有什么解决办法吗？ 2. 如果我想拿现在的结果发表文章的话，这个问题会不会成为文章的致命伤呐？若是发英文期刊，可能被接收吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有10人回复
-
2025年遐想
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
20楼2014-11-13 15:33:21
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
22楼2014-11-13 15:37:10
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
26楼2014-11-14 08:13:49
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
敏sunflower: 金币+3 2014-11-15 10:09:20
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
敏sunflower: 金币+3 2014-11-15 10:09:20
|
很多时候固定哪一部分是很主观的选择，具体取决于你想观察什么性质，想观察在什么构型下体系的哪些性质。我不太了解你到底想观察体系的什么性质，根据我个人的经验，如果是想观察液体在高分子表面的密度分布，那么固定整个高分子或者至少backbone可以算是一个选择，这样的话高分子就被固定成了一个表面，并可以进而计算液体的密度随 距离表面距离的变化。但如果是研究扩散，如果把整个高分子固定，液体往高分子表面的运动完全就阻碍住了，这种情况下扩散是受限的，有时可能不是我们所需要的（因为我们有时想观察自由扩散）。 |
38楼2014-11-15 04:54:45