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dengglangua

铁虫 (初入文坛)

[求助] MD模拟中,在水盒子中加入其他粒子后,为什么要去掉与之重叠的水分子? 已有1人参与

在分子动力学模拟中,在水盒子中加入其他粒子,比如200个钠离子后,为什么要去掉与钠离子重叠的水分子,不去掉有什么影响?
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dengglangua at 2014-11-07 09:08:47
VMD里有离子的,我是直接加入的,在住窗口的extensions-Modeling-Addions里面。...

请问,是将VMD的离子导入的意思吗?
6楼2014-11-07 10:49:40
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果原子距离太近,体系能量急剧增大,可能导致体系崩溃
gromacs
2楼2014-11-06 15:44:13
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)

楼主,请教你一下,怎么往里加离子啊,我各种失败
3楼2014-11-06 17:05:15
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dengglangua

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Kiki.Hugh at 2014-11-06 17:05:15
楼主,请教你一下,怎么往里加离子啊,我各种失败

VMD里有离子的,我是直接加入的,在住窗口的extensions-Modeling-Addions里面。
4楼2014-11-07 09:08:47
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