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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MD模拟中，在水盒子中加入其他粒子后，为什么要去掉与之重叠的水分子？
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dengglangua

铁虫 (初入文坛)

[求助] MD模拟中，在水盒子中加入其他粒子后，为什么要去掉与之重叠的水分子？ 已有1人参与

在分子动力学模拟中，在水盒子中加入其他粒子，比如200个钠离子后，为什么要去掉与钠离子重叠的水分子，不去掉有什么影响？
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1楼 2014-11-06 14:24:44
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果原子距离太近，体系能量急剧增大，可能导致体系崩溃
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gromacs
2楼2014-11-06 15:44:13
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)
楼主，请教你一下，怎么往里加离子啊，我各种失败
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3楼2014-11-06 17:05:15
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dengglangua

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Kiki.Hugh at 2014-11-06 17:05:15
楼主，请教你一下，怎么往里加离子啊，我各种失败

VMD里有离子的，我是直接加入的，在住窗口的extensions-Modeling-Addions里面。
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4楼2014-11-07 09:08:47
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dengglangua

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-11-06 15:44:13
如果原子距离太近，体系能量急剧增大，可能导致体系崩溃

谢谢你的应助。
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5楼2014-11-07 09:18:55
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Kiki.Hugh

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dengglangua at 2014-11-07 09:08:47
VMD里有离子的，我是直接加入的，在住窗口的extensions-Modeling-Addions里面。...

请问，是将VMD的离子导入的意思吗？
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6楼2014-11-07 10:49:40
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kakaxicheng

新虫 (初入文坛)
你好  请问下，串行和并行 还有Win32 , Win 64.这四个安装版本有什么区别  ，求解  谢谢
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7楼2014-11-07 11:23:53
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kakaxicheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-11-06 15:44:13
如果原子距离太近，体系能量急剧增大，可能导致体系崩溃

你好  请问下，lammps 串行和并行 还有Win32 , Win 64.这四个安装版本有什么区别  ，求解  谢谢
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8楼2014-11-07 11:25:11
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