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Miseq测序，16S V3-V4有6个没有到属，其中一个只到纲，目的：食品中优势菌群有哪些 已有1人参与
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目的：食品中优势菌群有哪些 Miseq测序，16S V3-V4：59个，13个到了种，有6个没有到属，其中一个只到纲。ITS基本上到种。 OTU6，丰度：2%-24%，但OTU6只到科，肠杆菌科。 问题来了： 1、食品，要特别关注低丰度的致病菌，可是测序结果基本上到属，不好分析呀。 2、优势菌到底是怎么定义的？数量？主导作用？如果是数量，那比例多少就认为是优势菌了呢？ |
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3楼2014-11-02 18:19:54
gaoyang636
木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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lz是否分析为何有些样品只分到属，或者纲？ 可能原因有几个： 1. 这几个样品pooling比例过低，数据量不够； 2. 这几个菌的reference信息未体现在mapping的数据库里，MiSeq默认的16S Mapping数据库是Greengenes. 3. 比对参数和算法的问题。 你可以尝试把这几个样品单独做一个pooling，再上机测序，并且可以自己去做聚类分析。 |
2楼2014-11-02 17:58:23
