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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Miseq测序，16S V3-V4有6个没有到属，其中一个只到纲，目的：食品中优势菌群有哪些
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WSXP1104

新虫 (小有名气)

[求助] Miseq测序，16S V3-V4有6个没有到属，其中一个只到纲，目的：食品中优势菌群有哪些 已有1人参与

目的：食品中优势菌群有哪些
Miseq测序，16S V3-V4：59个，13个到了种，有6个没有到属，其中一个只到纲。ITS基本上到种。
OTU6，丰度：2%-24%，但OTU6只到科，肠杆菌科。
问题来了：
1、食品，要特别关注低丰度的致病菌，可是测序结果基本上到属，不好分析呀。
2、优势菌到底是怎么定义的？数量？主导作用？如果是数量，那比例多少就认为是优势菌了呢？
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1楼 2014-11-02 17:42:01
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WSXP1104: 金币+1, ★有帮助 2014-11-02 18:31:03
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-03 18:12:20
lz是否分析为何有些样品只分到属，或者纲？ 可能原因有几个：
1. 这几个样品pooling比例过低，数据量不够；
2. 这几个菌的reference信息未体现在mapping的数据库里，MiSeq默认的16S Mapping数据库是Greengenes.
3. 比对参数和算法的问题。

你可以尝试把这几个样品单独做一个pooling，再上机测序，并且可以自己去做聚类分析。
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2楼2014-11-02 17:58:23
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WSXP1104

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2014-11-02 17:58:23
lz是否分析为何有些样品只分到属，或者纲？ 可能原因有几个：
1. 这几个样品pooling比例过低，数据量不够；
2. 这几个菌的reference信息未体现在mapping的数据库里，MiSeq默认的16S Mapping数据库是Greengenes.
...

1、7个样品，56 OTUs,送外面测序公司做的，每个样品的reads数差得有点大，比如，样品1reads数1.7万,样品5reads数有8万多。

2、测序公司数据很程序化。想自己再分析，
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3楼2014-11-02 18:19:54
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