| 查看: 1278 | 回复: 2 | ||
[求助]
Miseq测序，16S V3-V4有6个没有到属，其中一个只到纲，目的：食品中优势菌群有哪些 已有1人参与
|
|
目的：食品中优势菌群有哪些 Miseq测序，16S V3-V4：59个，13个到了种，有6个没有到属，其中一个只到纲。ITS基本上到种。 OTU6，丰度：2%-24%，但OTU6只到科，肠杆菌科。 问题来了： 1、食品，要特别关注低丰度的致病菌，可是测序结果基本上到属，不好分析呀。 2、优势菌到底是怎么定义的？数量？主导作用？如果是数量，那比例多少就认为是优势菌了呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有217人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 想请教我基因组测序中在ncbi中完整的一个基因在这里变成了两个小的基因，怎么回事？
已经有8人回复
- Miseq 数据处理
已经有5人回复
- 请教Miseq测序对基因组DNA的大概浓度要求？
已经有5人回复
- Illumina高通量测序 MiSeq平台产品说明
已经有183人回复
gaoyang636
木虫 (著名写手)
- MolEPI: 5
- 应助: 202 (大学生)
- 金币: 4111.4
- 散金: 7
- 红花: 14
- 帖子: 1108
- 在线: 159.8小时
- 虫号: 384065
- 注册: 2007-05-27
- 专业: 基因组学
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WSXP1104: 金币+1, ★有帮助 2014-11-02 18:31:03
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-03 18:12:20
感谢参与，应助指数 +1
WSXP1104: 金币+1, ★有帮助 2014-11-02 18:31:03
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-03 18:12:20
|
lz是否分析为何有些样品只分到属，或者纲？ 可能原因有几个： 1. 这几个样品pooling比例过低，数据量不够； 2. 这几个菌的reference信息未体现在mapping的数据库里，MiSeq默认的16S Mapping数据库是Greengenes. 3. 比对参数和算法的问题。 你可以尝试把这几个样品单独做一个pooling，再上机测序，并且可以自己去做聚类分析。 |
2楼2014-11-02 17:58:23
3楼2014-11-02 18:19:54