应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD如何让跨越周期的键不显示
51/1返回列表
查看: 1991  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wj925806

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD如何让跨越周期的键不显示 已有1人参与

大家好！VMD里面，当一个分子到盒子边界处并跨越了盒子的边界，若果分子内如果所有键都显示的话，跨越边界的键就会把整个图像弄乱，如下面的图所示， \"VMD如何让跨越周期的键不显示\"
想求助下大家，有没有什么方法让这样跨越周期的键不显示了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-24 22:59:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞利白

新虫 (初入文坛)
图片虽然没有看到，但是我觉得你这个改一下drawing method应该就可以了，比如用dynamic bonds
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-28 20:42:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wj925806

铜虫 (小有名气)
不好意思，图片总是弄不上去。我模拟的体系中有高分子，结构还是比较软的，我本身定义好了分子的拓扑结构，改用dynamic bonds后只能根据距离来判断成键，很多原本不成键的可能都会成键出来，成键的也可能显示不出来了
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-29 09:14:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

佳佳988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wj925806: 金币+10, ★有帮助 2014-10-31 09:34:57
如果你知道晶胞参数，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD内置的pbctool工具箱，设置其边界。
可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc -unwrap
可以将此晶胞内原子脱除周期性
pbc box -on
可显示晶胞边界
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-31 00:17:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 佳佳988 at 2014-10-31 00:17:02
如果你知道晶胞参数，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD内置的pbctool工具箱，设置其边界。
可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令：
pbc set {a b c alph ...

我的体系不是金属类的晶体，算是一个生物体系，用lammps模拟的，里面有一些高分子，还有一些磷脂分子，所以也没有这些晶胞的参数呀
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-31 09:36:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wj925806 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[硕博家园] 深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿） +4 xujiaoszu 2026-03-11 9/450 2026-03-17 10:29 by xujiaoszu
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭