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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD如何让跨越周期的键不显示
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wj925806

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD如何让跨越周期的键不显示 已有1人参与

大家好！VMD里面，当一个分子到盒子边界处并跨越了盒子的边界，若果分子内如果所有键都显示的话，跨越边界的键就会把整个图像弄乱，如下面的图所示， \"VMD如何让跨越周期的键不显示\"
想求助下大家，有没有什么方法让这样跨越周期的键不显示了
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1楼 2014-10-24 22:59:49
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飞利白

新虫 (初入文坛)
图片虽然没有看到，但是我觉得你这个改一下drawing method应该就可以了，比如用dynamic bonds
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2楼2014-10-28 20:42:10
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wj925806

铜虫 (小有名气)
不好意思，图片总是弄不上去。我模拟的体系中有高分子，结构还是比较软的，我本身定义好了分子的拓扑结构，改用dynamic bonds后只能根据距离来判断成键，很多原本不成键的可能都会成键出来，成键的也可能显示不出来了
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3楼2014-10-29 09:14:20
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佳佳988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wj925806: 金币+10, ★有帮助 2014-10-31 09:34:57
如果你知道晶胞参数，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD内置的pbctool工具箱，设置其边界。
可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc -unwrap
可以将此晶胞内原子脱除周期性
pbc box -on
可显示晶胞边界
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4楼2014-10-31 00:17:02
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 佳佳988 at 2014-10-31 00:17:02
如果你知道晶胞参数，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD内置的pbctool工具箱，设置其边界。
可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令：
pbc set {a b c alph ...

我的体系不是金属类的晶体，算是一个生物体系，用lammps模拟的，里面有一些高分子，还有一些磷脂分子，所以也没有这些晶胞的参数呀
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5楼2014-10-31 09:36:29
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