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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » Possible racemic twin or wrong absolute struture-try TWIN refinement
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chenwc319

木虫 (正式写手)

[求助] Possible racemic twin or wrong absolute struture-try TWIN refinement 已有1人参与

晶体解析时候，遇到了这个问题：possible racemic twin or wrong absolute struture-try TWIN refinement。
该晶体是Hexagonal,  P6(3)手性空间群。加了twin命令后，flack值就是0了，不对。要是不加这个twin这个命令，
cif中提示Flack   值是0.355.而且check cif有C类错误： Flack test results are ambiguous.
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack    0.355
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack_su    0.011
这个问题应该如何解决，要具体解决办法以及原因。
如果不需要解决，需要解释的话，请说明在cif中如何解释。
谢谢。金币不够可以追加
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1楼 2014-10-22 18:53:10
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenwc319 at 2014-10-22 19:52:43
您好 版主 我这个晶体加上了twin 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 BASF 0.5
命令后 还是不行 还是有上述问题 而且最大Q峰增加很大...

那只是一个例子，可变性很多，具体的数据要有具体的值
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4楼2014-10-22 20:32:54
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
chenwc319: 金币+100, ★★★很有帮助, 还需要继续帮助 2014-10-24 14:17:16
TonyGeN: 金币+2, 感谢热情应助 2014-10-26 18:51:13
1. 非手性分子但确定为手性空间群，同样要做Flack。注意此时的HKL数据应该是没有被平均过的。在shelx程序里面设置 MERG 3，或者重新评价数据选择不平均项。
2. 既非手性分子又不是手性空间群，checking程序是不会问这个问题的，不然就要再次检查空间群是否正确了。

3.如果不是手性空间群，比如p-1等，那么可以直接删除_refine_ls_abs_structure_Flack ，或者在其后加上‘?’

造成上述警示的原因是简单的twin精修，如果在twin后面加上矩阵就可以解决，twin matrix就可以得到偏差。

比如 twin 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 BASF 0.5

flack 参数就会给出标准偏差。
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2楼2014-10-22 19:39:02
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chenwc319

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yunruirui at 2014-10-22 19:39:02
1. 非手性分子但确定为手性空间群，同样要做Flack。注意此时的HKL数据应该是没有被平均过的。在shelx程序里面设置 MERG 3，或者重新评价数据选择不平均项。
2. 既非手性分子又不是手性空间群，checking程序是不会问 ...

您好 版主 我这个晶体加上了twin 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 BASF 0.5
命令后 还是不行 还是有上述问题 而且最大Q峰增加很大
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3楼2014-10-22 19:52:43
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chenwc319

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yunruirui at 2014-10-22 20:32:54
那只是一个例子，可变性很多，具体的数据要有具体的值...

TWIN这个命令以前没用过 能不能大体介绍下用法 谢谢楼主
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5楼2014-10-23 08:32:43
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