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chenwc319

木虫 (正式写手)

[求助] Possible racemic twin or wrong absolute struture-try TWIN refinement 已有1人参与

晶体解析时候,遇到了这个问题:possible racemic twin or wrong absolute struture-try TWIN refinement。
该晶体是Hexagonal,  P6(3)手性空间群。加了twin命令后,flack值就是0了,不对。要是不加这个twin这个命令,
cif中提示Flack   值是0.355.而且check cif有C类错误: Flack test results are ambiguous.
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack    0.355
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack_su    0.011
这个问题应该如何解决,要具体解决办法以及原因。
如果不需要解决,需要解释的话,请说明在cif中如何解释。
谢谢。金币不够可以追加
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
chenwc319: 金币+100, ★★★很有帮助, 还需要继续帮助 2014-10-24 14:17:16
TonyGeN: 金币+2, 感谢热情应助 2014-10-26 18:51:13
1. 非手性分子但确定为手性空间群,同样要做Flack。注意此时的HKL数据应该是没有被平均过的。在shelx程序里面设置 MERG 3,或者重新评价数据选择不平均项。
2. 既非手性分子又不是手性空间群,checking程序是不会问这个问题的,不然就要再次检查空间群是否正确了。

3.如果不是手性空间群,比如p-1等,那么可以直接删除_refine_ls_abs_structure_Flack ,或者在其后加上‘?’

造成上述警示的原因是简单的twin精修,如果在twin后面加上矩阵就可以解决,twin matrix就可以得到偏差。

比如 twin 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 BASF 0.5

flack 参数就会给出标准偏差。
2楼2014-10-22 19:39:02
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chenwc319

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yunruirui at 2014-10-22 19:39:02
1. 非手性分子但确定为手性空间群,同样要做Flack。注意此时的HKL数据应该是没有被平均过的。在shelx程序里面设置 MERG 3,或者重新评价数据选择不平均项。
2. 既非手性分子又不是手性空间群,checking程序是不会问 ...

您好 版主 我这个晶体加上了twin 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 BASF 0.5
命令后 还是不行 还是有上述问题 而且最大Q峰增加很大
3楼2014-10-22 19:52:43
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸

引用回帖:
3楼: Originally posted by chenwc319 at 2014-10-22 19:52:43
您好 版主 我这个晶体加上了twin 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 BASF 0.5
命令后 还是不行 还是有上述问题 而且最大Q峰增加很大...

那只是一个例子,可变性很多,具体的数据要有具体的值
4楼2014-10-22 20:32:54
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chenwc319

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yunruirui at 2014-10-22 20:32:54
那只是一个例子,可变性很多,具体的数据要有具体的值...

TWIN这个命令以前没用过 能不能大体介绍下用法 谢谢楼主
5楼2014-10-23 08:32:43
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸

引用回帖:
5楼: Originally posted by chenwc319 at 2014-10-23 08:32:43
TWIN这个命令以前没用过 能不能大体介绍下用法 谢谢楼主...

如果是孪晶就不能只用twin命令,要在图片里选择一套数据进行精修!这个你可以看下shexl精修说明,里面讲的很详细!在网上能下载的,
6楼2014-10-24 20:31:31
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