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Brilliantly

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[求助] 关于VASP+phonopy计算声子过程的讨论

我按照phonopy的官网说明书计算一个化合物的声子,现在已经用命令phonopy -d --dim="2 2 3"产生了以下文件:disp.yaml POSCAR POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003 SPOSCAR。然后我将POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003分别改名为POSCAR在VASP下分别得到了三个不同的vasprun.xml,下面我看说明书就有点看不懂了,说明书写的是用命令phonopy -f disp-001/vasprun.xml disp-002/vasprun.xml disp-003/vasprun.xml,我现在有点不明白这个disp-001、disp-002、disp-003是什么文件呢?还有就是这三个POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003不是分别对应一个vasprun.xml吗?那这个命令中的vasprun.xml究竟是指哪个呢?
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rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你把不同的POSCAR分别复制到一个文件夹,在这里就是disp00*然后分别算能量。最后在每个文件夹下就有一个vasprun.xml

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-10-13 22:37:22
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rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Brilliantly: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 感谢您如此快而清楚的回复,真的十分感谢! 2014-10-14 00:44:22
引用回帖:
2楼: Originally posted by rnchen at 2014-10-13 22:37:22
你把不同的POSCAR分别复制到一个文件夹,在这里就是disp00*然后分别算能量。最后在每个文件夹下就有一个vasprun.xml

具体是,比如你把POSCAR001复制到disp001文件夹下,重命名为POSCAR然后把计算能量的INCAR POTCAR KPONITS复制过来算能量。同样处理所有其他的POSCAR00*,计算完所有的最后你就会得到所有的vasprun.xml,然后就可以用phonopy了

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-10-13 22:40:20
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rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by rnchen at 2014-10-13 22:40:20
具体是,比如你把POSCAR001复制到disp001文件夹下,重命名为POSCAR然后把计算能量的INCAR POTCAR KPONITS复制过来算能量。同样处理所有其他的POSCAR00*,计算完所有的最后你就会得到所有的vasprun.xml,然后就可以 ...

命令的vasprun.xml需要所有的poscar对应的vasprun.xml

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-10-13 22:41:30
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dx0620

木虫 (正式写手)

上面回答的是正确的,不过我们都是通过脚本计算的,建超胞后产生两个超胞的
for a in 01 02
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
vasp
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done
这样最后就运行phonopy -f vasprun.xml-0*就可以了
5楼2014-10-14 08:31:21
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Brilliantly

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by dx0620 at 2014-10-14 08:31:21
上面回答的是正确的,不过我们都是通过脚本计算的,建超胞后产生两个超胞的
for a in 01 02
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
vasp
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done
这样最后就运行phonopy -f vasprun.xml-0*就 ...

你没有应助所以没办法评分啊,所以送了你两朵小红花以表示感谢!
加油!
6楼2014-10-14 09:29:26
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NickyHCQ

木虫 (正式写手)

7楼2016-11-19 10:18:32
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