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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于VASP+phonopy计算声子过程的讨论
汕头大学海洋科学接受调剂
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Brilliantly

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 关于VASP+phonopy计算声子过程的讨论

我按照phonopy的官网说明书计算一个化合物的声子，现在已经用命令phonopy -d --dim="2 2 3"产生了以下文件：disp.yaml POSCAR POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003 SPOSCAR。然后我将POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003分别改名为POSCAR在VASP下分别得到了三个不同的vasprun.xml，下面我看说明书就有点看不懂了，说明书写的是用命令phonopy -f disp-001/vasprun.xml disp-002/vasprun.xml disp-003/vasprun.xml，我现在有点不明白这个disp-001、disp-002、disp-003是什么文件呢？还有就是这三个POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003不是分别对应一个vasprun.xml吗？那这个命令中的vasprun.xml究竟是指哪个呢？
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加油！
1楼 2014-10-13 20:02:12
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rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把不同的POSCAR分别复制到一个文件夹，在这里就是disp00*然后分别算能量。最后在每个文件夹下就有一个vasprun.xml

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2楼2014-10-13 22:37:22
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rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Brilliantly: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 感谢您如此快而清楚的回复，真的十分感谢！ 2014-10-14 00:44:22
引用回帖:
2楼: Originally posted by rnchen at 2014-10-13 22:37:22
你把不同的POSCAR分别复制到一个文件夹，在这里就是disp00*然后分别算能量。最后在每个文件夹下就有一个vasprun.xml

具体是，比如你把POSCAR001复制到disp001文件夹下，重命名为POSCAR然后把计算能量的INCAR POTCAR KPONITS复制过来算能量。同样处理所有其他的POSCAR00*，计算完所有的最后你就会得到所有的vasprun.xml，然后就可以用phonopy了

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3楼2014-10-13 22:40:20
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rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by rnchen at 2014-10-13 22:40:20
具体是，比如你把POSCAR001复制到disp001文件夹下，重命名为POSCAR然后把计算能量的INCAR POTCAR KPONITS复制过来算能量。同样处理所有其他的POSCAR00*，计算完所有的最后你就会得到所有的vasprun.xml，然后就可以 ...

命令的vasprun.xml需要所有的poscar对应的vasprun.xml

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4楼2014-10-13 22:41:30
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dx0620

木虫 (正式写手)
上面回答的是正确的，不过我们都是通过脚本计算的，建超胞后产生两个超胞的
for a in 01 02
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
vasp
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done
这样最后就运行phonopy -f vasprun.xml-0*就可以了
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5楼2014-10-14 08:31:21
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Brilliantly

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dx0620 at 2014-10-14 08:31:21
上面回答的是正确的，不过我们都是通过脚本计算的，建超胞后产生两个超胞的
for a in 01 02
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
vasp
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done
这样最后就运行phonopy -f vasprun.xml-0*就 ...

你没有应助所以没办法评分啊，所以送了你两朵小红花以表示感谢！
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加油！
6楼2014-10-14 09:29:26
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NickyHCQ

木虫 (正式写手)
上面差不多讲完了～

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7楼2016-11-19 10:18:32
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