应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于VASP+phonopy计算声子过程的讨论
汕头大学海洋科学接受调剂
71/1返回列表
查看: 2779  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Brilliantly

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 关于VASP+phonopy计算声子过程的讨论

我按照phonopy的官网说明书计算一个化合物的声子，现在已经用命令phonopy -d --dim="2 2 3"产生了以下文件：disp.yaml POSCAR POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003 SPOSCAR。然后我将POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003分别改名为POSCAR在VASP下分别得到了三个不同的vasprun.xml，下面我看说明书就有点看不懂了，说明书写的是用命令phonopy -f disp-001/vasprun.xml disp-002/vasprun.xml disp-003/vasprun.xml，我现在有点不明白这个disp-001、disp-002、disp-003是什么文件呢？还有就是这三个POSCAR-001 POSCAR-002 POSCAR-003不是分别对应一个vasprun.xml吗？那这个命令中的vasprun.xml究竟是指哪个呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理相关文档 VASP 第一性原理计算-tg

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油！
1楼 2014-10-13 20:02:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把不同的POSCAR分别复制到一个文件夹，在这里就是disp00*然后分别算能量。最后在每个文件夹下就有一个vasprun.xml

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-13 22:37:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Brilliantly: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 感谢您如此快而清楚的回复，真的十分感谢！ 2014-10-14 00:44:22
引用回帖:
2楼: Originally posted by rnchen at 2014-10-13 22:37:22
你把不同的POSCAR分别复制到一个文件夹，在这里就是disp00*然后分别算能量。最后在每个文件夹下就有一个vasprun.xml

具体是，比如你把POSCAR001复制到disp001文件夹下，重命名为POSCAR然后把计算能量的INCAR POTCAR KPONITS复制过来算能量。同样处理所有其他的POSCAR00*，计算完所有的最后你就会得到所有的vasprun.xml，然后就可以用phonopy了

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-13 22:40:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rnchen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by rnchen at 2014-10-13 22:40:20
具体是，比如你把POSCAR001复制到disp001文件夹下，重命名为POSCAR然后把计算能量的INCAR POTCAR KPONITS复制过来算能量。同样处理所有其他的POSCAR00*，计算完所有的最后你就会得到所有的vasprun.xml，然后就可以 ...

命令的vasprun.xml需要所有的poscar对应的vasprun.xml

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-13 22:41:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dx0620

木虫 (正式写手)
上面回答的是正确的，不过我们都是通过脚本计算的，建超胞后产生两个超胞的
for a in 01 02
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
vasp
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done
这样最后就运行phonopy -f vasprun.xml-0*就可以了
赞一下(4人) 回复此楼
5楼2014-10-14 08:31:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Brilliantly

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dx0620 at 2014-10-14 08:31:21
上面回答的是正确的，不过我们都是通过脚本计算的，建超胞后产生两个超胞的
for a in 01 02
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
vasp
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done
这样最后就运行phonopy -f vasprun.xml-0*就 ...

你没有应助所以没办法评分啊，所以送了你两朵小红花以表示感谢！
赞一下 回复此楼
加油！
6楼2014-10-14 09:29:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

NickyHCQ

木虫 (正式写手)
上面差不多讲完了～

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-11-19 10:18:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Brilliantly 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求助调剂，跨调 +16 X十甫寸Y 2026-04-11 17/850 2026-04-14 10:59 by 不我拉绿卡
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +5 喽哈加油 2026-04-13 5/250 2026-04-14 10:15 by 求调剂zz
[考研] 085404 298分求调剂 +11 呼啦呼啦呼呼呼 2026-04-10 12/600 2026-04-14 08:38 by wfj257
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-12 13/650 2026-04-13 17:32 by 长弓傲
[考研] 290调剂生物0860 +28 哇哈哈，。 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 01:16 by 幸免 ..
[考研] 0831生医工第一轮调剂失败求助 +12 小熊睿睿_s 2026-04-11 16/800 2026-04-12 16:28 by 钰璞
[考研] 085410 273求调剂 +10 X1999 2026-04-09 10/500 2026-04-12 09:24 by 逆水乘风
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-08 9/450 2026-04-12 02:24 by 秋豆菜芽
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
[考研] 359求调剂 +5 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 19:55 by lbsjt
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 一志愿华东师范生物学326分，求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[考研] 本科西工大 0856 324求调剂 +10 wysyjs25 2026-04-09 11/550 2026-04-10 08:37 by 5268321
[考博] 博士自荐 +7 可可小胖 2026-04-08 7/350 2026-04-10 08:28 by kimhero
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
[考研] 331求调剂 +5 luoxin0706. 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:15 by zhouyuwinner
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭