| 查看: 2426 | 回复: 9 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
|
[求助]
用Python读Gaussian的cube文件，速度很慢，怎么破？谢谢！！！ 已有4人参与
|
||||
|
向各位python大侠求教一个问题，谢谢各位！ 我正在用python读一个由Gaussian生成的cube文件。但是读文件读得非常慢，读一个6M多的cube文件，居然用了3分钟！ 具体问题如下： 用cubefile来打开某个cube文件。然后继续 我怀疑tmpline = tmplines[i-1]这句话拖累的速度？应该如何修改？非常感谢高手帮助！！ 感谢！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 SOB 集锦 | 经验 | 杂书 |
» 猜你喜欢
调剂招生
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有266人回复
-
调剂招生
已经有1人回复
-
实际气体内压强的微观机制或将改写--------从一个基本的力学佯谬说起
已经有2人回复
-
调剂招生
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有5人回复
-
招收0703开头的学硕调剂生 线上复试
已经有5人回复
-
湖北文理学院材料与化工专硕还有调剂名额，欢迎大家推荐考生！
已经有1人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有37人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- AIM如何使用(急！！！）
已经有18人回复
- 没有Gaussian版权用什么看cube文件里的轨道
已经有6人回复
- 使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
已经有14人回复
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑
已经有16人回复
- 【求助】用gaussian计算得到out文件和chk文件，怎么得到fch文件？
已经有4人回复
- 【neweroica个人文集】转换VASP的CHGCAR为cube文件的程序chgcar2cube（v0.0）
已经有45人回复
rh1127
捐助贵宾 (著名写手)
一名工程师@上海
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 21407.7
- 红花: 6
- 帖子: 1616
- 在线: 139.5小时
- 虫号: 116848
- 注册: 2005-11-25
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
【答案】应助回帖
|
import numpy as np import string def readCube2Array(cubeFile): f=open(cubeFile,'r') lines=f.readlines() i=-1 for l in lines: i=i+1 if string.find(l,'E-')>0: break print i s=(''.join(lines[i:])).replace(" "," " ) s=s.replace("\n"," " ) dataArray=np.fromstring(s,dtype=double, sep=' ') return dataArray filename='test677-ref.cube' dArray=readCube2Array(filename) |
7楼2014-10-05 14:47:08
yjcmwgk
禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
- QC强帖: 38
- 应助: 165 (高中生)
- 贵宾: 16.999
- 金币: 555.4
- 散金: 39880
- 红花: 395
- 沙发: 2
- 帖子: 10406
- 在线: 1528.1小时
- 虫号: 448368
- 注册: 2007-11-01
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 科研工具资源
2楼2014-10-04 11:08:58
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+20, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:10
gmy1990: 金币+3 2014-10-05 18:49:03
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+20, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:10
gmy1990: 金币+3 2014-10-05 18:49:03
|
试试这个，看看效果如何： [ code] tmplines = cubefile.readlines() tempstr = "".join(tmplines) #把list转化为str，形式应该是'num num ...num\nnum ...' tempstr = tempstr.replace('\n',' ') #把str中的'\n'替换为' ' tmpcubedata = tempstr.split(' ') #把str转为list n=0 numcount=len(tmpcubedata) #list的数据总数 for i in tmpcubedata: n+=1 if i%60000==0: print "Converting", cubefilename, "...... ", int(100.0*float(i)/float(numcount)), "%" #if i=="": #tmpcubedata.remove(i) #如果cubefile 文件中中间有空行，则需要这个功能 if tmpcubedata[-1]=="": del tmpcubedata[-1] #如果cubefile 文件以‘num\n‘结尾 print "Converting", cubefilename, "...... ", "100 %" [ /code] |
3楼2014-10-04 15:23:36
rh1127
捐助贵宾 (著名写手)
一名工程师@上海
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 21407.7
- 红花: 6
- 帖子: 1616
- 在线: 139.5小时
- 虫号: 116848
- 注册: 2005-11-25
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+20, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:21
gmy1990: 金币+2 2014-10-05 18:49:14
感谢参与，应助指数 +1
yjcmwgk: 金币+20, ★有帮助, 非常感谢，我后来用tmpp = ((' '.join(cubefile.readlines())).replace("/n"," ")).split()解决了 2014-10-05 16:10:21
gmy1990: 金币+2 2014-10-05 18:49:14
|
用numpy和pandas模块儿来处理大型数组，比只用for循环速度快几十倍不止。python自带的循环未经优化，很忌讳来处理大型数组！ 希望对你有帮助。 |
4楼2014-10-05 09:21:10
