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用Python读Gaussian的cube文件,速度很慢,怎么破?谢谢!!!
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用Python读Gaussian的cube文件,速度很慢,怎么破?谢谢!!!
已有4人参与
向各位python大侠求教一个问题,谢谢各位!
我正在用python读一个由Gaussian生成的cube文件。但是读文件读得非常慢,读一个6M多的cube文件,居然用了3分钟!
具体问题如下:
用cubefile来打开某个cube文件。然后继续
CODE:
tmpcubedata = [] !先设一个空列表,待会儿用来存储数据
tmpcubedata = tmpcubedata + tmpline.split() !tmpline是用来存储某一行的数据的。由于先前已经经过了多次tmpline.split()之后,实际上现在的tmpline存储的就是我已经想要的那些数据的第一行了。所以,先读一下并存入tmpcubedata中。
i = 1 !这是个计数器。每读一行数据就加1
tmplines=cubefile.readlines() !把剩下的行全读进来
for i in range(1,linecount): !linecount就是应该读入的cube文件中数据部分的总行数,一般来说,Gaussian生成的cube文件中,如果生成过程全默认,那么cube文件的数据部分应该是8-9万行的样子。大部分行,每行有6个数字(大概95%的行是这样的),但也不排除只有1-5个数字的情况(大概5%的行是这样的)。
tmpline = tmplines[i-1] !从tmplines中获得某一行
if tmpline == 'EOF' : break
if tmpline == [] : break
if tmpline == None : break
if i == linecount: break !如果计数器i达到了总行数,就不读了
if i%10000 == 0: print "Converting", cubefilename, "...... ", int(100.0*float(i)/float(linecount)), "%" !每读一万行数据,就显示一个进度百分比
if i == linecount-1 : print "Converting", cubefilename, "...... ", "100 %" !读到最后一行数据的时候,就显示一个百分之百
i = i+1
tmpcubedata = tmpcubedata + tmpline.split() !将读进来的数据存入tmpcubedata中
我怀疑tmpline = tmplines[i-1]这句话拖累的速度?应该如何修改?非常感谢高手帮助!!
感谢!!
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2014-10-04 11:04:20
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cube文件的基本结构举例如下
CODE:
Title Card Required mo=1
MO coefficients
-1 -2.916225 -2.916225 -2.916225
80 0.073828 0.000000 0.000000
80 0.000000 0.073828 0.000000
80 0.000000 0.000000 0.073828
2 2.000000 0.000000 0.000000 0.000000
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1.50064E-04 1.67044E-04 1.85341E-04 2.04976E-04 2.25955E-04 2.48274E-04
2.71913E-04 2.96838E-04 3.22995E-04 3.50318E-04 3.78721E-04 4.08098E-04
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3.08636E-04 3.36926E-04 3.66617E-04 3.97630E-04 4.29868E-04 4.63213E-04
下面还有八万多行,略了
对于这个cube文件来说,从第9行开始是第一个数据行,直到文件结束。值得注意的是,绝大多数数据行,每行有6个数字,但第22行就只有2个数字了。
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2014-10-04 11:08:58
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